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Séquençage du Génome Entier (WGS) et polymorphismes mononucléotidiques (SNP)

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Accrédité par le Conseil canadien des normes au laboratoire numéro 594 (ISO/IEC 17025)

Formulaires de demande

Détails de la référence

Description:

Approche multidimensionnelle du typage moléculaire des souches de Bacillus anthracis.

Test WGS : Typage moléculaire des souches de Bacillus anthracis au moyen de données de séquençage du génome entier.

Test SNP : Typage moléculaire des souches de Bacillus anthracis afin de déterminer les variations génétiques entre les membres d’une espèce au moyen de polymorphismes mononucléotidiques.

Catégorie d'analyse:
Différenciation moléculaire
Agent pathogène:
Bacillus anthracis
Infections et maladies:
  • Anthrax
Spécimen:

Culture pure

Méthode de prélèvement:

Culture bactérienne pure – plaque ou écouvillon

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Entreposer les cultures bactériennes au réfrigérateur jusqu'à ce qu'elles soient expédiées aux fins de test.

Transport des marchandises dangereuses:

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

 

Critères relatifs aux patients:

Infection confirmée à Bacillus anthracis

Documents d'accompagnement:

Requête pour l'élaboration d'épreuves et diagnostic – microbiologie médicolégale complétée incluant le nom, l'adresse et le numéro de téléphone de l'expéditeur. Nom du patient ou identifiant (# du laboratoire qui le réfère), date de naissance, exposition présumée, test(s) demandé(s), histoire clinique. Type de spécimen et date de prélèvement. Si possible, inclure les antibiotiques administrés et les antécédents de voyage.

Commentaires:

S/O

Méthodes et interprétation des résultats:

Test WGS : Les relations phylogénétiques et les souches de sous-type sont déterminées au moyen de données de séquençage du génome entier en fonction des variations d’une seule paire de bases (SNV) à des endroits précis du génome.

Test SNP : La PCR permettra de définir le profil SNP; les mutations qui touchent une seule paire de bases dans un locus en particulier, habituellement composé de deux allèles, seront recherchées. 

Délai d'exécution:

14 jours civils pour un résultat final.

Coordonnées:
Téléphone: (204) 784-5928 or 1-877-212-6108
Télécopieur: (204) 789-5009
Références:
  1. Keim, P. 2008 Real-Time PCR, plcR and Canonical SNP Genotyping of Bacillus anthracis.Northern Arizona University. Guidelines and Standard operating Procedures for Forensic Analysis. V04.29.08
  2. Van Ert MN, et al. 2007. Global Genetic Population Structure of Bacillus anthracis. PLoS ONE. 2(5): e461.
  3. Tyler AD, et al. 2018. Evaluation of Oxford Nanopore's MinION Sequencing Device for Microbial Whole Genome Sequencing Applications. Sci Rep. Jul 19;8(1):10931.
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