Génotypage de la résistance aux antiviraux
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Détails de la référence
Génotypage de la résistance du cytomégalovirus humain (CMVH) aux antiviraux.
- Infection congénitale
Plasma positif pour le CMVH 1 mL (minimum de 0,5 mL), sang total 1 mL (minimum de 0,5 mL), isolat viral 1 mL (minimum de 0,5 mL). Le volume minimal ne permet pas une répétition des analyses d’échantillons ayant un résultat équivoque.
Pour le plasma, prélever le sang dans un tube séparateur de plasma (PPT) ou un tube contenant de K2EDTA (plastique; à bouchon lavande ou rose). Ne pas utiliser d’héparine comme anticoagulant. Centrifuger le tube à la température ambiante à une FCR de 1 100 pendant 10 15 minutes. Décanter le plasma dans un tube distinct.
Ne pas congeler le sang total; le conserver et expedier refrigéré au LNM dans les 48 h suivant le prélèvement. Le plasma peut être conservé et expédié refrigéré au LNM dans les 48 h suivant le prélèvement, sinon, il doit être conservés et expédiés congelés. Les isolats viraux doivent être congelées en tout temps et expédiées sur de la glace sèche.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Résistance soupçonnée du CMVH aux antiviraux, caractérisée par une absence de diminution de la virémie du CMV ou d’amélioration d’une maladie clinique (ou par une récidive) pendant un traitement antiviral (6 semaines ou plus) (3).
Résultats de la PCR du CMVH, y compris le nombre de copies. La requête d’analyse pour « ITS virales, polyome et herpèsvirus » comprend, pour l’expéditeur, le nom, l’adresse et le numéro de téléphone et, pour le patient, le nom-code, la date de naissance, le sexe, le no de référence de l’échantillon, le type d’échantillon, la date de prélèvement, le test requis et toute autre information clinique pertinente.
L’échantillon devrait contenir de l’ADN du CMVH et les résultats devraient être joints au formulaire de demande.
Les régions des gènes de la protéine kinase (UL97) et de la polymérase (UL54) du CMV qui peuvent être porteuses de mutations connues causant une résistance aux antiviraux sont amplifiées par PCR et séquencées. Les données sur la séquence du CMVH sont ensuite analysées à l’aide d’un outil en ligne (1,2) qui associe les mutations conférant une résistance aux antiviraux aux phénotypes de résistance connus. La séquence soumise est comparée à des phénotypes sauvages de référence par BLAST, et les mutations sont identifiées. Enfin, on effectue une contre-vérification des mutations à l’aide d’une base de données des mutations publiées fréquemment mise à jour pour déterminer si elles favorisent une sensibilité ou une résistance au ganciclovir, au cidofovir, au foscarnet et autres antiviraux. Sur demande spéciale, le laboratoire peut évaluer la résistance au létermovir des régions des gènes UL56 et UL89. Interpréter les résultats avec prudence puisque cette épreuve est utilisée pour fins de recherche seulement.
10 jours civils. Des échantillons STAT peuvent être envoyés dans certaines circonstances. Veuillez communiquer avec le laboratoire pour vous renseigner sur les délais d’exécution plus courts.
- https://dna.informatik.uni-ulm.de/software/mra/app/index.php?plugin=form
- Chevilotte, M et al., 2010. A new tool linking human cytomegalovirus drug resistance mutations to resistance phenotypes. Antiviral Research 85: 318-327.
- Transplantation. 2013; 96:1.