Prédiction moléculaire de la résistance de cultures de CMTB aux antimicrobiens
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Prédiction moléculaire de la résistance de cultures de CMTB aux antimicrobiens par l’analyse de données issues du séquençage du génome entier – Ce test peut être fait en plus des analyses de la sensibilité phénotypique aux antimicrobiens, mais ne doit pas les remplacer. Il est possible de prédire la résistance et la sensibilité aux antimicrobiens de première intention que sont l’isoniazide, la rifampicine, l’éthambutol et le pyrazynamide, ainsi qu’aux antimicrobiens de deuxième intention que sont la moxifloxacine, l’ofloxacine, la streptomycine, l’amikacine, la capréomycine et la kanamycine.
- Tuberculose (TB)
Le test sera réalisé à partir de cultures déjà identifiées comme renfermant des mycobactéries du CMTB; il ne convient pas aux échantillons cliniques. La méthode s’applique aux milieux de culture solides et liquides, mais son utilisation est optimale en milieu solide. En cas de culture en milieu solide, il faut que la croissance visible soit de moins de six semaines, et les colonies isolées sur plaque sont préférables. Les cultures liquides doivent être considérées comme positives selon la détection BACTEC MGIT 960 et avoir un volume d’au moins 4 ml. Les cultures dont la croissance ou le volume ne conviennent pas, et celles qui sont contaminées par d’autres espèces de bactéries ou de mycobactéries seront rejetées.
S/O
Expédier toutes les cultures à température ambiante (NE PAS congeler) pour livraison le lendemain, et avant le mercredi de chaque semaine pour s'assurer qu'elles soient livrées au plus tard le vendredi.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Ce test sera automatiquement réalisé sur les cultures présentées au CNRM pour des analyses de la sensibilité phénotypique du CMTB aux antimicrobiens de première ou de deuxième intention. Il peut aussi être réalisé sur une culture qui n’est pas transmise aux fins d’analyses de la sensibilité phénotypique aux antimicrobiens si des résultats d’analyses de la sensibilité phénotypique aux antimicrobiens sont présentés avec la culture.
Un avis d’envoi d’échantillon doit être transmis par courriel ou par télécopieur avant l’expédition des isolats. Les échantillons doivent être expédiés à l’attention de : Melissa Rabb, chef des Services de référence et de diagnostic, 204-789-6081/204-789-6038. La réquisition du CNRM et la requête d'analyse pour typage des isolats de complexe M. tuberculosis doivent être complétées, signées par le superviseur/ou la personne désignée du laboratoire expéditeur et inclure l’origine du spécimen, le sexe et la date de naissance du patient, l’histoire clinique et l’informations sur l’identifiant du laboratoire et la personne-ressource (requérant). Veuillez préciser les caractéristiques des isolats: la microscopie, la pigmentation, les caractéristiques des cultures, la vitesse et température de croissance, et l’identification. Les demandes d’analyse urgente doit être accompagnée d’une justification.
Les cultures seront rejetées si les documents nécessaires sont incomplets ou manquants.
Ce test permet de prédire la résistance aux antimicrobiens par la comparaison de séquences de génomes entiers avec une liste de mutations associées à un niveau de confiance élevé (1), au moyen de l’outil de bio-informatique Mykrobe Predictor (2). La résistance de M. tuberculosis aux antimicrobiens est en grande partie due aux polymorphismes mononucléotidiques issus de l’hérédité clonale (3,4,5). Pour chaque antimicrobien, la prédiction de la résistance au médicament et les mutations (ou l’absence de mutations) détectées dans les régions génétiques associées à la résistance à l’antimicrobien en question seront fournies. Les mutations détectées dans les régions promotrices seront signalées comme suit : nt type sauvage [position par rapport à la région promotrice] nt mutation (par exemple C-15T). Les mutations détectées dans des régions codantes seront indiquées au moyen des codes d’acides aminés en abrégés d’une lettre, de la manière suivante : AA type sauvage [numéro de codon de M. tuberculosis] AA mutation (par exemple S315T). Les mutations dans le gène rpoB seront indiquées par les numéros de codon de M. tuberculosis et non par les numéros de codon d’E. coli fournis auparavant (6).
La prédiction de la résistance aux antimicrobiens de première intention sera indiquée pour les isolats qui devraient être sensibles ou phénotypiquement sensibles aux antimicrobiens de première intention. En ce qui concerne les isolats qui devraient être résistants ou phénotypiquement résistants à l’isoniazide, une prédiction de la résistance à la moxifloxacine et à l’ofloxacine sera fournie. Les résultats de prédiction pour les antimicrobiens de première et de deuxième intention seront fournis sur demande et, dans tous les cas, pour les isolats qui devraient être résistants ou phénotypiquement résistants à deux antimicrobiens de première intention ou plus. L’absence de mutation n’exclut pas la possibilité de résistance aux antimicrobiens. Les analyses phénotypiques demeurent la méthode de référence pour la détermination de la résistance aux antimicrobiens. Veuillez mettre en corrélation les résultats qui vous seront fournis avec ceux des analyses phénotypiques. Les mutations détectées grâce à ce dernier test permettront au CNRM de confirmer la résistance phénotypique aux antimicrobiens.
Tests courants avec mise en culture : 20 jours civils à partir de la date de réception de l'échantillon.
- Walker TM, Kohl TA, Omar SV, Hedge J, Del Ojo Elias C, Bradley P, et al. Whole-genome sequencing for prediction of Mycobacterium tuberculosis drug susceptibility and resistance: a retrospective cohort study. Lancet Infect Dis. 2015;15: 1193–1202. doi:10.1016/S1473-3099(15)00062-6.
- Bradley P, Gordon NC, Walker TM, Dunn L, Heys S, Huang B, et al. Rapid antibiotic-resistance predictions from genome sequence data for Staphylococcus aureus and Mycobacterium tuberculosis. Nat Commun. 2015;6: 10063. doi:10.1038/ncomms10063.
- Zhang Y, Yew W-W. Mechanisms of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis: update 2015. Int J Tuberc Lung Dis. 2015;19: 1276–1289. doi:10.5588/ijtld.15.0389.
- Bishai WR, Cohen KA, Pym AS. Molecular Basis of Drug Resistance in Mycobacterium tuberculosis. Microbiology Spectrum. 2014;2. doi:10.1128/microbiolspec.MGM2-0036-2013.
- Hameed HMA, Islam MM, Chhotaray C, Wang C, Liu Y, Tan Y, et al. Molecular Targets Related Drug Resistance Mechanisms in MDR-, XDR-, and TDR-Mycobacterium tuberculosis Strains. Front Cell Infect Microbiol. 2018;8: 114. doi:10.3389/fcimb.2018.00114.
- Andre E. Consensus numbering system for the rifampicin resistance-associated rpoB gene mutations in pathogenic mycobacteria. Clin Microbiol Infect. 2016; doi:10.1016/j.cmi.2016.09.006.