Séquençage du Génome Entier (WGS) et polymorphismes mononucléotidiques (SNP)
<<Retourner au laboratoireAccrédité par le Conseil canadien des normes au laboratoire numéro 594 (ISO/IEC 17025)
Formulaires de demande
Détails de la référence
Approche multidimensionnelle du typage moléculaire des souches de Brucella responsables de la brucellose classique.
Test WGS : Typage moléculaire des souches de Brucella au moyen de données de séquençage du génome entier.
Test SNP : On utilise sept polymorphismes nucléotidiques canoniques spécifiques à l'espèce sont utilisés pour distinguer les souches de Brucella à l'aide de la PCR en temps réel.
- Brucellose
Culture pure.
Culture bactérienne pure – plaque ou écouvillon.
Entreposer les cultures bactériennes au réfrigérateur jusqu’à ce qu’elles soient expédiées aux fins de test.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Infection confirmée de Brucellose causant une infection à Brucella spp.
Requête pour l’élaboration d’épreuves et diagnostic – microbiologie médicolégale complétée incluant le nom, l’adresse et le numéro de téléphone de l’expéditeur. Nom du patient ou identifiant (# du laboratoire qui le réfère), date de naissance, exposition présumée, test(s) demandé(s), histoire clinique. Type de spécimen et date de prélèvement. Si possible, inclure les antibiotiques administrés et les antécédents de voyage.
S/O
Test WGS : Les relations phylogénétiques et les souches de sous-type sont déterminées au moyen de données de séquençage du génome entier en fonction des variations d’une seule paire de bases (SNV) à des endroits précis du génome.
Test SNP : La PCR en temps réel permettra de définir le profil SNP propre à l’espèce, qui sera comparé à celui de souches de contrôle.
14 jours civils pour un résultat final.
- Foster, JT, et al, 2008. Real-Time PCR Assays of Single-Nucleotide Polymorphisms Defining the Major Brucella Clades. J Clin Microbiol. Jan;46(1):296-301.