Séquençage du Génome Entier (WGS) et Détection moléculaire par PCR en temps réel

Approche multidimensionnelle du typage moléculaire des souches de Yersinia pestis.

Test WGS : Typage moléculaire des souches de Yersinia pestis au moyen de données de séquençage du génome entier.

Test SNP : Typage moléculaire des souches de Yersinia pestis afin de déterminer les variations génétiques entre les membres d’une espèce au moyen de polymorphismes mononucléotidiques.

• Peste

Culture pure.  

Culture bactérienne pure – plaque ou écouvillon.

Entreposer les cultures bactériennes au réfrigérateur jusqu’à ce qu’elles soient expédiées aux fins de test.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Infection confirmée à Yersinia pestis.

Requête pour l’élaboration d’épreuves et diagnostic – microbiologie médicolégale complétée incluant le nom, l’adresse et le numéro de téléphone de l’expéditeur. Nom ou identifiant du patient (no du laboratoire demandeur), date de naissance, exposition présumée, test(s) demandé(s), antécédents cliniques, antécédents de voyage, type d’échantillon et date de prélèvement.

S/O

Test WGS : Les relations phylogénétiques et les souches de sous-type sont déterminées au moyen de données de séquençage du génome entier en fonction des variations d’une seule paire de bases (SNV) à des endroits précis du génome.

Test SNP : La PCR et/ou SGE permet de définir le profil SNP; les mutations qui touchent une seule paire de bases dans un locus en particulier, habituellement composé de deux allèles, sont recherchées.   

14 jours civils pour un résultat final.

1. Vogler AJ et al., 2008. Assays for the rapid and specific identification of North American Yersinia pestis and the common laboratory strain CO92 Biotechniques. February ; 44(2): 201–207
2. Ciammaruconi A et al., 2009. A rapid allele variant discrimination method for Yersinia pestis strains based on high-resolution melting curve analysis. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease 65; 7–13
3. Morelli G et al., 2010. Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity.Nat Genet. December; 42(12): 1140–1143. doi:10.1038/ng.705.

Fiche Technique Santé-Sécurité : Agents Pathogènes – Yersinia pestis

Pour les professionnels de la santé: Peste

Définition nationale de cas : La Peste

Peste