Test de pharmacorésistance par RT-PCR, séquençage de nouvelle génération et comparaison à une base de données sur les mutations

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Formulaires de demande

Détails de la référence

Description:

Test de pharmacorésistance du virus de l’hépatite C (VHC) au moyen de l’amplification par RT-PCR du génome entier du virus ou de la région NS3-NS5B, suivie du séquençage de nouvelle génération et de la comparaison des séquences à une base de données sur les mutations responsables de la pharmacorésistance connues.

Catégorie d'analyse:
Épreuve de sensibilité
Agent pathogène:
Virus de l’hépatite C (VHC)
Infections et maladies:
  • Hépatite C
Spécimen:

Échantillon de sérum ou de plasma. Le volume minimal requis de sérum ou de plasma est de 1,0 mL. Bien que ce ne soit pas exigé, un échantillon prélevé avant le traitement mis en banque permet de différencier une rechute d’une réinfection et d’ajouter des renseignements à la base de données sur les mutations responsables de la résistance du VHC.

Méthode de prélèvement:

Prélever le sang dans des tubes de séparation du sérum (TSS) ou tubes EDTA.

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Congeler les échantillons jusqu’au moment de leur envoi pour analyse. Expédier les échantillons congelés sur glace sèche.

Transport des marchandises dangereuses:

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Pour obtenir des renseignements supplémentaires dans d’autres langues sur le transport de matières infectieuses, cliquez sur le lien ci-dessous.

http://www.who.int/ihr/capacity-strengthening/infectious-substances/fr/

Critères relatifs aux patients:

Ce test est principalement destiné aux patients qui n’ont pas répondu à un traitement antérieur contre le VHC contenant un inhibiteur de la région NS3, NS5A ou NS5B. Dans certaines circonstances, il peut être justifié de procéder à un test avant le traitement. En cas de doute, communiquez avec Mike Carpenter au LNM pour obtenir de plus amples renseignements. Les échantillons dont la charge virale est < 103 UI/mL ne sont pas acceptés pour le moment.

Documents d'accompagnement:

Requête pour des hépatites virales et pathogènes transmis par le sang complétée incluant le nom, l’adresse et le numéro de téléphone de l’expéditeur.  Le nom du patient ou identificateur (# du laboratoire qui le réfère), la date de naissance, l’exposition présumée, le(s) test(s) demandé(s). Nature du spécimen et date de prélèvement. Si possible, fournir l’histoire clinique et les résultats d’analyses qui ont été effectuées par les laboratoires locaux ou provinciaux.  Veuillez fournir la charge virale si elle est connue. Si un échantillon prélevé avant le traitement mis en banque est fourni, veuillez inclure les mêmes données pour cet échantillon.

Commentaires:

S/O

Méthodes et interprétation des résultats:

Selon la charge virale et la qualité de l’échantillon, l’une des deux méthodes suivantes sera utilisée : i) transcription inverse associée à l’amplification par PCR ayant recours à : i) une PCR de longue portée indépendante du génotype (amplification presque complète du génome du VHC) ou une amplification ciblée de la région NS3-NS5B, ou alors ii) une transcription inverse à amorçage aléatoire et une amplification du génome entier par PCR avec ou sans sondes de capture. Tous les échantillons sont traités par un séquençage en profondeur de nouvelle génération. Les données qui en résultent sont comparées à une base de données sur les mutations responsables de la résistance connues. Le rapport définitif contient des renseignements détaillés sur les substitutions associées à la résistance et les paramètres des tests. Les résultats des tests sont destinés aux fins de recherche seulement.

Délai d'exécution:

28 jours civils.

Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-6061; HCV (204) 789-5063
Télécopieur: (204) 789-2082
Références:
  1. Shah H, Bilodeau M, Burak KW, Cooper C, Klein M, Ramji A, Smyth D and Feld J; for the Canadian Association for the Study of the Liver. 2018. The management of chronic hepatitis C: 2018 guideline update from the Canadian Association for the Study of the Liver. CMAJ 190 (22) E677-E687 (2018). DOI: https://doi.org/10.1503/cmaj.170453.
  2.  Bradshaw D, Mbisa JL, Geretti AM et al. Consensus recommendations for resistance testing in the management of chronic hepatitis C virus infection: Public Health England HCV Resistance Group.J. Infect. 79(6):503-512 (2019). DOI: https://doi.org/10.1016/j.jinf.2019.10.007.
  3.  AASLD-IDSA. HCV guidance: recommendations for testing, managing, and treating hepatitis C. Clin Infect Dis, 67 (10): 1477-1492 (2018) .See current update at: https://www.hcvguidelines.org.
  4. Houldcroft, C, Beale, MA, Breuer, J. Clinical and biological insights from viral genome sequencing. Nature Reviews Microbiology 15: 183–192 (2017). https://www.nature.com/articles/nrmicro.2016.182
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