Identification des espèces aérobies du genre Actinomycetes

Identification des isolats aérobies d’Actinomycetes au niveau du genre ou de l’espèce selon la liste de noms de procaryotes « LPSN » (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) mise au point par J.-P. Euzéby. Les tests sont réalisés par spectrométrie de masse MALDI-TOF (désorption-ionisation laser assistée par matrice – temps de vol) et/ou à l’aide de méthodologies basées sur des séquences d’ADN.

Cultures pures d’isolats provenant de sites normalement stériles et de plaies gravement infectées

S/O

Expédiez toutes les cultures à température ambiante (NE les congelez PAS) pour une livraison le lendemain, et avant le mercredi pour en assurer la réception au plus tard le vendredi.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Rien

La notification de l'envoi d'échantillons doit être envoyée par courriel ou par télécopieur avant l'expédition des isolats. Une requête pour le NRCM doit être remplie et signée par le superviseur ou la personne désignée du laboratoire provincial ou territorial qui effectue l'envoi, et doit inclure la source de l'échantillon, le sexe du patient, sa date de naissance, ses antécédents cliniques, l'identifiant du laboratoire qui effectue l'envoi et les coordonnées de l'expéditeur. Veuillez également inclure les caractéristiques de l'isolat : microscopie, pigmentation, caractéristiques de culture, taux de croissance/température et autres informations d'identification. Les tests demandés pour les envois urgents doivent être accompagnés d'une justification. Le NRCM fournira les résultats au laboratoire provincial/territorial qui a effectué l'envoi, lequel sera ensuite chargé de les transmettre au laboratoire local ou au médecin concerné.

Les cultures seront rejetées si les documents ou les justifications nécessaires sont incomplets ou manquants.

L’identification au niveau de l’espèce sera réalisée par MALDI-TOF, par séquençage du gène de l’ARNr 16S et/ou par séquençage de fragments du gène hsp65. Il y aura ensuite une comparaison des données de séquençage avec la base de données BLAST du NCBI ou avec la base de données de MALDI-TOF de Bruker.

Tests de routine à partir de la culture : 10 jours civils à compter de la date de réception de l'échantillon.

1. Clinical and Laboratory Standards Institute. 2018. Susceptibility Testing of Mycobacteria, Nocardia spp., and Other Aerobic Actinomycetes; Approved Standard-Third Edition. M24-Ed3. Clinical and Laboratory Standards Institute, Wayne, Pennsylvania.
2. Clinical and Laboratory Standards Institute. 2018. Performance Standards for Susceptibility Testing of Mycobacteria, Nocardia spp., and Other Aerobic Actinomycetes; First Edition. M62-Ed1. Clinical and Laboratory Standrads Institute, Wayne, Pennsylvania.