Identification des espèces aérobies du genre Actinomycetes
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Détails de la référence
Identification des isolats aérobies d’Actinomycetes au niveau du genre ou de l’espèce selon la liste de noms de procaryotes « LPSN » (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) mise au point par J.-P. Euzéby. Les tests sont réalisés par spectrométrie de masse MALDI-TOF (désorption-ionisation laser assistée par matrice – temps de vol) et/ou à l’aide de méthodologies basées sur des séquences d’ADN.
- Varié
Cultures pures d’isolats provenant de sites normalement stériles et de plaies gravement infectées
S/O
Expédiez toutes les cultures à température ambiante (NE les congelez PAS) pour une livraison le lendemain, et avant le mercredi pour en assurer la réception au plus tard le vendredi.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Rien
Un avis d’envoi d’échantillon doit être transmis par courriel ou par télécopieur avant l’expédition des isolats. Les échantillons doivent être expédiés à l’attention de : Melissa Rabb, cheffe, Services de référence et de diagnostic, CNRM/LNM, 204-789-6081/204-789-6038. Les demandes adressées au CNRM doivent être remplies et signées par le superviseur du laboratoire expéditeur ou par la personne désignée comme responsable par le laboratoire expéditeur; elles doivent indiquer la source de l’échantillon, le sexe du patient, la date de naissance et les antécédents cliniques du patient, l’identifiant du laboratoire expéditeur et les coordonnées de l’expéditeur. Veuillez également mentionner les caractéristiques des isolats : microscopie, pigmentation, caractéristiques de la culture, température/taux de croissance, etc. Les demandes urgentes doivent être accompagnées d’une justification.
Les cultures seront rejetées si les documents ou les justifications nécessaires sont incomplets ou manquants.
L’identification au niveau de l’espèce sera réalisée par MALDI-TOF, par séquençage du gène de l’ARNr 16S et/ou par séquençage de fragments du gène hsp65. Il y aura ensuite une comparaison des données de séquençage avec la base de données BLAST du NCBI ou avec la base de données de MALDI-TOF de Bruker.
Tests de routine à partir de la culture : 10 jours civils à compter de la date de réception de l'échantillon.
- Clinical and Laboratory Standards Institute. 2018. Susceptibility Testing of Mycobacteria, Nocardia spp., and Other Aerobic Actinomycetes; Approved Standard-Third Edition. M24-Ed3. Clinical and Laboratory Standards Institute, Wayne, Pennsylvania.
- Clinical and Laboratory Standards Institute. 2018. Performance Standards for Susceptibility Testing of Mycobacteria, Nocardia spp., and Other Aerobic Actinomycetes; First Edition. M62-Ed1. Clinical and Laboratory Standrads Institute, Wayne, Pennsylvania.