Détection moléculaire du SARS-CoV-2 dans les eaux usées
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Détails de la référence
Surveillance et quantification du SARS-CoV-2 dans les eaux usées au moyen de la PCR quantitative en temps réel (RT qPCR)
- Infections des voies respiratoires
- COVID-19
Eaux d’égout brutes, influent primaire, boue primaire, effluent, matériau d’échantillonneur passif (éluat, filtre, membrane)
Quelle que soit la matrice de l’échantillon, 500 mL d’échantillons composites ou ponctuels devraient être envoyés au Laboratoire national de microbiologie (LNM) de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) conformément aux directives d’expédition ci-dessous. Idéalement, l’échantillon devrait être maintenu à une température de 4 °C pendant la collecte. Les répercussions de l’utilisation d’agents de conservation courants de l’eau/des eaux usées n’ont pas été évaluées, et l’envoi d’échantillons préservés au moyen de ces agents est déconseillé. Il est possible de soumettre des éluats ou des membranes entières provenant de dispositifs d’échantillonnage passifs à condition de les emballer conformément aux directives d’expédition ci-dessous.
Les échantillons doivent être scellés dans un récipient étanche principal (aucun contenant en verre) qui sera placé dans un contenant secondaire fermé hermétiquement. L’emballage du contenant secondaire doit contenir une quantité suffisante de matériau absorbant pour absorber le volume total du liquide expédié en cas de fuite ou de déversement. Tous les échantillons NE doivent en aucun cas ÊTRE CONGELÉS avant ou pendant le transport et doivent être maintenus à une température de 4 °C à l’aide de blocs réfrigérants congelés de préférence; s’il n’est pas possible d’utiliser des blocs réfrigérants, de la glace humide peut être utilisée, mais dans des sacs doubles. Le site de prélèvement de l’échantillon et la date de prélèvement doivent être indiqués sur tous les échantillons, et ils doivent porter une marque indiquant qu’il s’agit d’échantillons environnementaux ou d’eaux usées. Veuillez expédier les échantillons et les blocs réfrigérants dans un emballage permettant d’assurer la conservation à la température voulue (glacière en mousse de polystyrène ou à parois rigides), en prenant soin de placer le tout dans un suremballage de carton de taille appropriée et correctement étiqueté.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
S/O
Demande de détection de virus respiratoires dans les eaux usées
Tous les échantillons doivent être adressés au Centre scientifique canadien de santé humaine et animale, situé au 1015, rue Arlington, à Winnipeg, au Manitoba, pour l’application des protocoles obligatoires de réception des échantillons.
Critères de rejet des échantillons : Pour préserver l’intégrité des échantillons et la qualité des données, nos échantillons doivent être soumis à des délais de prélèvement stricts. À ce titre, le délai acceptable entre le prélèvement de l’échantillon et sa réception par le laboratoire est de trois semaines au maximum. Tout échantillon qui n’est pas envoyé conformément aux normes d’expédition susmentionnées, c.-à-d. qui présente une fuite ou qui n’est pas emballé correctement, peut être refusé par le LNM ou par les transporteurs. Un échantillon sera immédiatement rejeté à des fins d’analyse si plus de 20 % de l’échantillon (100 ml) a coulé dans le sac/contenant secondaire, s’il n’arrive pas avec une étiquette individuelle ou des marques d’identification, ou s’il arrive sans marque et sans être répertorié sur un formulaire de demande d’échantillon qui l’accompagne.
L’analyse quantitative à l’intérieur des limites de quantification de la trousse de détection du SARS-CoV-2 RT qPCR des CDC cible universelle N2 et N200 pour le SRAS-CoV-2 (Fuzzen 2023). Tous les résultats font l’objet d’une analyse avec contrôle endogène pour détecter le virus de la marbrure bénigne du piment (PMMoV) aux fins de normalisation du signal et de l’assurance de la qualité.
3 à 5 jours civils.
Nucleic Acid Amplification Tests (NAATs)
Fuzzen M., et al. An improved method for determining Frequency of multiple variants of SARS-CoV-2 in wastewater using qPCR assays. Sci Total Environ. 2023; 881: 163292 doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.163292
The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Bustin SA, et al. 2009 Apr;55(4):611-22. doi: 10.1373/clinchem.2008.112797.
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