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Détection moléculaire du SARS-CoV-2 dans les eaux usées

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Détails de la référence

Description:

Surveillance et quantification du SARS-CoV-2 dans les eaux usées au moyen de la PCR quantitative en temps réel (RT qPCR)

Catégorie d'analyse:
Détection moléculaire
Agent pathogène:
Virus de SARS-CoV-2
Infections et maladies:
  • Infections des voies respiratoires
  • COVID-19
Spécimen:

Eaux d’égout brutes, influent primaire, boue primaire, effluent, matériau d’échantillonneur passif (éluat, filtre, membrane)

Méthode de prélèvement:

Quelle que soit la matrice de l’échantillon, 500 mL d’échantillons composites ou ponctuels devraient être envoyés au Laboratoire national de microbiologie (LNM) de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) conformément aux directives d’expédition ci-dessous. Idéalement, l’échantillon devrait être maintenu à une température de 4 °C pendant la collecte. Les répercussions de l’utilisation d’agents de conservation courants de l’eau/des eaux usées n’ont pas été évaluées, et l’envoi d’échantillons préservés au moyen de ces agents est déconseillé. Il est possible de soumettre des éluats ou des membranes entières provenant de dispositifs d’échantillonnage passifs à condition de les emballer conformément aux directives d’expédition ci-dessous.

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Les échantillons doivent être scellés dans un récipient étanche principal (aucun contenant en verre) qui sera placé dans un contenant secondaire fermé hermétiquement. L’emballage secondaire devrait contenir une quantité proportionnelle de matériau absorbant en cas de fuite ou de déversement. Les échantillons NE DOIVENT JAMAIS ÊTRE CONGELÉS avant ou pendant l’expédition et doivent être conservés à une température de 4 °C à l’aide de blocs réfrigérants (ne pas utiliser de glace). Tous les échantillons doivent être précisément identifiés comme des échantillons environnementaux ou d’eaux usées. Veuillez expédier les échantillons et les blocs réfrigérants dans un emballage permettant d’assurer la conservation à la température voulue (glacière en mousse de polystyrène ou à parois rigides), en prenant soin de placer le tout dans un suremballage de carton de taille appropriée et correctement étiqueté.

Transport des marchandises dangereuses:

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Critères relatifs aux patients:

S/O

Documents d'accompagnement:

Demande de détection du virus SARS-CoV-2 dans les eaux usées.

Commentaires:

Le service d’analyse est accessible aux organismes fédéraux, provinciaux, territoriaux et municipaux ayant un intérêt à l’égard de l’analyse des eaux usées. Cependant, d’autres organisations peuvent soumettre des échantillons; veuillez communiquer avec le Dr Chand S. Mangat (chand.mangat@phac-aspc.gc.ca) pour déterminer si vous êtes admissible à ce service.

 

Tout échantillon qui n’est pas envoyé conformément aux normes d’expédition, c’est-à-dire qui présente une fuite ou qui n’est pas emballé correctement, peut être refusé par le LNM ou par les transporteurs respectifs.

Méthodes et interprétation des résultats:

L’analyse quantitative à l’intérieur des limites de quantification de la trousse de détection du SARS-CoV-2 RT qPCR des CDC cible N1 et N2. Tous les résultats font l’objet d’une analyse avec contrôle endogène pour détecter le virus de la marbrure bénigne du piment (PMMoV) aux fins de normalisation du signal et de l’assurance de la qualité.

Délai d'exécution:

3 à 5 jours civils.

Coordonnées:
Téléphone: 204-789-6506
Télécopieur: 204-318-2221
Références:

CDC Diagnostic Tests for COVID-19

Nucleic Acid Amplification Tests (NAATs)

The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Bustin SA, et al. 2009 Apr;55(4):611-22. doi: 10.1373/clinchem.2008.112797.