Génotypage de la résistance du virus herpès simplex (HSV-1 et HSV-2)
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Détails de la référence
Génotypage de la résistance du virus herpès simplex (HSV-1 et HSV-2) aux antiviraux.
- Herpès simplex 1
- Herpès simplex 2
Écouvillon de lésion positif pour HSV-1 ou HSV-2 1 ml (minimum de 0,5 ml), LCR 1 ml (minimum de 0,5 ml), plasma positif 1 mL (minimum de 0,5 mL), isolat viral 1 mL (minimum de 0,5 mL). Le volume minimal ne permet pas une répétition des analyses d’échantillons ayant un résultat équivoque.
Pour les écouvillons de lésions, placer l’écouvillon dans 2-3 ml de milieu de transport pour virus pendant au moins 1 heure, puis retirer l’écouvillon. Pour le plasma, prélever le sang dans un tube séparateur de plasma (PPT) ou un tube contenant de l’EDTA K2 (plastique; à bouchon lavande ou rose). Ne pas utiliser d’héparine comme anticoagulant. Centrifuger le tube à la température ambiante à une FCR de 1 100 pendant 10-15 minutes. Décanter le plasma dans un tube distinct. Prélever le LCR dans un tube sec soumis aux conditions habituelles de ponction lombaire. Pour les cultures virales, prélever des cellules infectées et du milieu.
Le plasma et LCR peut être conservé et expédié refrigéré au LNM dans les 48 h suivant le prélèvement, sinon, il doit être conservés et expédiés congelés. Les isolats viraux doivent être congelées en tout temps et expédiées sur de la glace sèche.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Résistance soupçonnée de HSV-1 ou HSV-2 aux antiviraux, caractérisée par l’absence d’amélioration (ou la réapparition) des lésions associées au virus. Le virus herpès simplex résistant aux médicaments est plus courant chez les patients immunodéprimés que dans le reste de la population. (3).
Résultats de la PCR spécifique au virus HSV-1 ou HSV-2, y compris le nombre de copies. La requête d’analyse pour « ITS virales, polyome et herpèsvirus » comprend, pour l’expéditeur, le nom, l’adresse et le numéro de téléphone et, pour le patient, le nom-code, la date de naissance, le sexe, le no de référence de l’échantillon, le type d’échantillon, la date de prélèvement, le test requis et toute autre information clinique pertinente.
L’échantillon devrait contenir de l’ADN au virus HSV-1 ou HSV-2 et les résultats devraient être joints au formulaire de demande.
Les régions des gènes de la thymidine kinase (UL23) et de la polymérase (UL30) qui présentent des mutations connues conférant une résistance à l’antiviral acyclovir et à ses dérivés sont amplifiées par PCR et séquencées selon la méthode de Sanger (1,2). Les données sur les séquences de HSV-1 ou HSV-2 sont ensuite analysées et comparées à des séquences de référence de type sauvage, de manière à faire ressortir les mutations et déphasages. Un outil en ligne est utilisé pour l’analyse de HSV-1 (4); la base de données sur HSV-2 est limitée et fondée sur des résultats publiés (5). Veuillez noter qu’aucune analyse phénotypique n’est effectuée. Interpréter les résultats avec prudence puisque cette épreuve est utilisée pour fins de recherche seulement.
10 jours civils. Des échantillons STAT peuvent être envoyés dans certaines circonstances. Veuillez communiquer avec le laboratoire pour vous renseigner sur les délais d’exécution plus courts.
- Doris Chibo, Julian Druce, Joe Sasadeusz, Chris Birch, Molecular analysis of clinical isolates of acyclovir resistant herpes simplex virus, Antiviral Research,Volume 61, Issue 2, 2004, Pages 83-91, ISSN 0166-3542, https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2003.08.018
- Emilie Frobert, Jean-Claude Cortay, Tadamasa Ooka, Fatiha Najioullah, Danielle Thouvenot, Bruno Lina, Florence Morfin, Genotypic detection of acyclovir-resistant HSV-1: Characterization of 67 ACV-sensitive and 14 ACV-resistant viruses,Antiviral Research, Volume 79, Issue 1, 2008, Pages 28-36, ISSN 0166-3542, https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2008.01.153.
- Jiang, YC., Feng, H., Lin, YC. et al. New strategies against drug resistance to herpes simplex virus. Int J Oral Sci 8, 1–6 (2016). https://doi.org/10.1038/ijos.2016.3
- https://dna.informatik.uni-ulm.de/software/mra/app/index.php?plugin=form
- Andreas Sauerbrei, Kathrin Bohn-Wippert, Marisa Kaspar, Andi Krumbholz, Matthias Karrasch, Roland Zell, Database on natural polymorphisms and resistance-related non-synonymous mutations in thymidine kinase and DNA polymerase genes of herpes simplex virus types 1 and 2, Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Volume 71, Issue 1, Pages 6-16. (2016) https://doi.org/10.1093/jac/dkv285