Séquençage du Génome Entier (WGS)

Typage moléculaire de Burkholderia mallei au moyen de données de séquençage du génome entier.

• Morve

Culture pure

Culture bactérienne pure – plaque ou écouvillon

Entreposer les cultures bactériennes au réfrigérateur jusqu’à ce qu’elles soient expédiées aux fins de test.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Infection confirmée à Burkholderia mallei.

Requête pour l’élaboration d’épreuves et diagnostic – microbiologie médicolégale complétée incluant le nom, l’adresse et le numéro de téléphone de l’expéditeur.  Nom du patient ou identifiant (# du laboratoire qui le réfère), date de naissance, exposition présumée, test(s) demandé(s), histoire clinique. Type de spécimen et date de prélèvement. Si possible, inclure les antibiotiques administrés et les antécédents de voyage.

S/O

Les relations phylogénétiques entre les souches sont déterminées au moyen de données de séquençage du génome entier en fonction des variations d’une seule paire de bases (SNV) à des endroits précis du génome.

14 jours civils pour un résultat final.

1. Petkau, A, et al. 2017. “SNVPhyl: A Single Nucleotide Variant Phylogenomics Pipeline for Microbial Genomic Epidemiology.” Microb Genom, Jun 8;3(6):e000116. doi: 10.1099/mgen.0.000116

Burkholderia (Pseudomonas) mallei - Fiches techniques santé/sécurité (FTSS)