Séquençage du génome entier (SGE)**Examen des critères relatifs aux patients
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Détails de la référence
Séquençage du génome entier de Candida auris
- Infection ou colonisation
Culture pure
Isolat fourni sur un milieu de culture approprié pour Candida auris.
Expédier les cultures sur un milieu de culture ensemencé ou dans un milieu de transport. Le récipient de culture doit être étanche ou adéquatement scellé.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Le premier isolat pour chaque nouvelle identification de C. auris chez un patient est accepté.
Requête d’analyse de la résistance aux antimicrobiens et des infections nosocomiales dûment remplie.
S/O
Analyse phylogénomique de la parenté génétique et détection des mécanismes connus de résistance aux antifongiques.
21 jours civils. Remarque : le délai d’exécution peut varier dans certaines circonstances
- Petkau A, Mabon P, Siefffert C et al. SNVphyl: a single nucleotide variant phylogenomics pipeline for microbial genomic epidemiology. Microb Genom 2017;3:e000116.