Séquençage du génome entier (SGE) **Examen des critères relatifs aux patients
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Détails de la référence
Séquençage du génome entier de Staphylococcus aureus.
- Pneumonie nécrosante
- Infections de la peau et des tissus mous
Culture pure
Isolat fourni sur un milieu de culture approprié pour S. aureus.
Expédier les cultures sur un milieu de culture ensemencé ou dans un milieu de transport. Le récipient de culture doit être étanche ou adéquatement scellé.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
-**Pour l’instant, en ce qui concerne cette demande, nous demandons à ce que les centres communiquent avec nous (à l’adresse nml.arni-rain.lnm@phac-aspc.gc.ca ou au 204-789-5000) afin que nous puissions effectuer le triage de la charge de travail.
-**Il est également important que les centres nous fassent savoir si les isolats soumis concernent une éclosion en cours et qu’ils fournissent les numéros du LNM (ex. N24-0001), le cas échéant, pour les isolats demandés à être inclus dans les rapports. Une case est prévue dans nos requêtes pour indiquer le degré d’urgence. Si cette case est cochée, nous assurerons le suivi auprès des centres. Les délais d’exécution du SGE peuvent varier selon de nombreux facteurs; il est donc important pour nous de connaître le degré d’urgence des échantillons.
-**Nous n’acceptons les demandes de SGE que pour les enquêtes sur les éclosions et pour la détection d’une RAM nouvelle ou émergente. À l’heure actuelle, nous ne sommes pas en mesure d’assurer une surveillance passive fondée sur le SGE par l’intermédiaire de l’Unité des services de référence de la RAIN. La section Résistance aux antimicrobiens et aux infections nosocomiales de la RAIN fait partie de plusieurs réseaux de surveillance. Pour de plus amples renseignements, veuillez envoyer un courriel à l’adresse nml.arni-rain.lnm@phac-aspc.gc.ca.
Requête d’analyse de la résistance aux antimicrobiens et des infections nosocomiales dûment remplie, indiquant clairement la raison du SGE (éclosion ou RAM nouvelle/émergente). Les centres sont invités à fournir des données sur la sensibilité antimicrobienne ou des données phénotypiques pour tout cas de RAM nouvelle/émergente. Des renseignements détaillés sur votre éclosion peuvent s’avérer utiles pour l’interprétation des données. Ces renseignements peuvent comprendre la date d’isolement de l’échantillon ou la provenance du cas (ex. échantillon clinique ou environnemental) et doivent être inclus dans la requête.
Avant de demander une analyse, veuillez communiquer avec le laboratoire à l’adresse nml.arni-rain.lnm@phac-aspc.gc.ca.
Peut inclure la phylogénétique et la détection de la RAM. Les tests suivants peuvent être effectués après consultation du laboratoire demandeur et du LNM lorsqu’il est jugé approprié de procéder :
Détection de variants mononucléotidiques (SNV) dans le génome entier
Détection de la résistance aux antimicrobiens (RAM)
MLST
cgMLST
Typage du gène spa
21 jours civils. Remarque : le délai d’exécution peut varier selon le cas.
- Petkau A, Mabon P, Siefffert C et al. SNVphyl: a single nucleotide variant phylogenomics pipeline for microbial genomic epidemiology. Microb Genom 2017;3:e000116.
- Bharat A, Petkau A, Avery BP, Chen JC, Folster JP, Carson CA, Kearney A, Nadon C, Mabon P, Thiessen J, Alexander DC, Allen V, El Bailey S, Bekal S, German GJ, Haldane D, Hoang L, Chui L, Minion J, Zahariadis G, Domselaar GV, Reid-Smith RJ, Mulvey MR. Correlation between Phenotypic and In Silico Detection of Antimicrobial Resistance in Salmonella enterica in Canada Using Staramr. Microorganisms. 2022; 10(2):292. https://doi.org/10.3390/microorganisms10020292
- Alcock BP, Huynh W, Chalil R, Smith KW, Raphenya AR, Wlodarski MA, Edalatmand A, Petkau A, Syed SA, Tsang KK, Baker SJC, Dave M, McCarthy MC, Mukiri KM, Nasir JA, Golbon B, Imtiaz H, Jiang X, Kaur K, Kwong M, Liang ZC, Niu KC, Shan P, Yang JYJ, Gray KL, Hoad GR, Jia B, Bhando T, Carfrae LA, Farha MA, French S, Gordzevich R, Rachwalski K, Tu MM, Bordeleau E, Dooley D, Griffiths E, Zubyk HL, Brown ED, Maguire F, Beiko RG, Hsiao WWL, Brinkman FSL, Van Domselaar G, McArthur AG. CARD 2023: expanded curation, support for machine learning, and resistome prediction at the Comprehensive Antibiotic Resistance Database. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D690-D699. doi: 10.1093/nar/gkac920. PMID: 36263822; PMCID: PMC9825576.