Séquençage du génome entier (SGE)
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Détails de la référence
Séquençage du génome entier de Enterococcus faecium.
- Bactériémie
- Endocardite bactérienne
Culture pure
Isolat fourni sur un milieu de culture approprié pour E. faecium
Expédier les cultures sur un milieu de culture ensemencé ou dans un milieu de transport. Le récipient de culture doit être étanche ou adéquatement scellé.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
S/O
Une requête d’analyse de la résistance aux antimicrobiens et des infections nosocomiales a été remplie.
Veuillez communiquer avec le laboratoire avant de demander cette épreuve.
Analyse de variants mononucléotidiques (SNV) du génome entier
Détection de la RAM (le cas échéant)
Avant de présenter une demande d’analyse, veuillez communiquer avec nous en utilisant les renseignements ci-dessous. Vous devez fournir des renseignements détaillés sur vos besoins en matière de surveillance ou d’éclosions et des lignes directrices relatives à l’interprétation.
21 jours civils. Remarque : le délai d’exécution peut varier selon le cas.
- Petkau A, Mabon P, Siefffert C et al. SNVphyl: a single nucleotide variant phylogenomics pipeline for microbial genomic epidemiology. Microb Genom 2017;3:e000116.
- Bharat A, Petkau A, Avery BP, Chen JC, Folster JP, Carson CA, Kearney A, Nadon C, Mabon P, Thiessen J, Alexander DC, Allen V, El Bailey S, Bekal S, German GJ, Haldane D, Hoang L, Chui L, Minion J, Zahariadis G, Domselaar GV, Reid-Smith RJ, Mulvey MR. Correlation between Phenotypic and In Silico Detection of Antimicrobial Resistance in Salmonella enterica in Canada Using Staramr. Microorganisms. 2022; 10(2):292. https://doi.org/10.3390/microorganisms10020292
- Alcock BP, Huynh W, Chalil R, Smith KW, Raphenya AR, Wlodarski MA, Edalatmand A, Petkau A, Syed SA, Tsang KK, Baker SJC, Dave M, McCarthy MC, Mukiri KM, Nasir JA, Golbon B, Imtiaz H, Jiang X, Kaur K, Kwong M, Liang ZC, Niu KC, Shan P, Yang JYJ, Gray KL, Hoad GR, Jia B, Bhando T, Carfrae LA, Farha MA, French S, Gordzevich R, Rachwalski K, Tu MM, Bordeleau E, Dooley D, Griffiths E, Zubyk HL, Brown ED, Maguire F, Beiko RG, Hsiao WWL, Brinkman FSL, Van Domselaar G, McArthur AG. CARD 2023: expanded curation, support for machine learning, and resistome prediction at the Comprehensive Antibiotic Resistance Database. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D690-D699. doi: 10.1093/nar/gkac920. PMID: 36263822; PMCID: PMC9825576.