Séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S dans du matériel clinique

Analyse partielle du gène codant pour l’ARNr 16S par PCR et par séquençage dans du matériel clinique provenant de sites normalement stériles.

• Varié

Le matériel clinique provient de sites normalement stériles de l’organisme, notamment le liquide céphalorachidien (LCR), les aspirats, les biopsies et les tissus. Les blocs de parffine, les rouleaux de tissus, le sérum, le plasma et les milieux d’hémoculture ne seront pas acceptés à des fins d’analyse. Le sang entier sera accepté uniquement sur demande spéciale. Pour l’analyse, il faut fournir au moins 0,5 ml d’échantillon liquide.  Il est préférable d’expédier tous les échantillons congélés dans des tubes à bouchon vissé faits de plastique résistant aux chocs et à la congélation-décongélation. En cas d’incertitude quant au type d’échantillon, communiquer avec le laboratoire par téléphone ou par courriel.

Suivre les méthodes d’échantillonnage aseptique normalisées au moment du prélèvement des échantillons et veiller à ce que le matériel clinique soit placé dans le milieu de conservation approprié.

Le laboratoire expéditeur n’a aucun traitement supplémentaire à effectuer lorsque les échantillons sont prélevés selon les directives énoncées ci-dessus. Il est préférable de congeler les échantillons immédiatement après leur prélèvement. Si c’est impossible, ils doivent être conservés à une température de réfrigération (2 °C à 8 °C).  Veiller à ce que les échantillons soient maintenus à la bonne température durant leur expédition au LNM (p. ex. les échantillons congelés doivent être expédiés sur de la glace sèche et les échantillons réfrigérés sur des blocs réfrigérants).

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Maladie clinique avec symptômes évoquant une infection bactérienne ou agents ne pouvant être mis en culture.

Requête d’analyse de bactériologie spéciale dûment remplie (la version la plus récente de la demande est requise), comprenant les renseignements sur le patient et l’information clinique pertinente. Si possible, joindre les résultats des tests de laboratoire qui ont déjà été effectués par le laboratoire local et/ou provincial

Si le résultat de toute analyse effectuée par le laboratoire expéditeur est positif, il serait utile de l’indiquer dans les documents d’accompagnement, en précisant le type d’analyse. Par ailleurs, si des bactéries ont été observées dans une coloration de Gram, il faudrait également le préciser.  

L’analyse partielle du gène codant pour l’ARNr 16S par PCR est effectuée à l’aide des amorces universelles pour les 500 premières paires de bases du gène. Le produit de PCR par séquençage de Sanger et les résultats sont comparés aux bases de données publiques (GenBank). Il convient de souligner que la détection du gène codant pour l’ARNr 16S n’est possible que si le microorganisme se trouve à des concentrations détectables dans l’échantillon prélevé. Par conséquent, un résultat non détectable au test PCR n’exclut pas la possibilité que l’organisme visé soit présent dans l’échantillon.

10 jours civils.  Il est important de noter que lorsqu’un grand nombre d’échantillons est reçu ou lorsque des tests doivent être répétés, le délai d’exécution peut être plus long.

1. Edwards U, Rogall T, Blöcker H, Emde M, Böttger EC. 1989. Nucleic Acids Res.  Oct 11;17(19):7843-53. doi: 10.1093/nar/17.19.7843 Clinical and Laboratory Standards Institute.  Interpretive criteria for identification of bacteria and fungi by DNA target sequencing. 2018. MM18-Ed2, Volume 38, Number 15.