Typage génomique multilocus (MLST)

Typage génomique multilocus du complexe Burkholderia cepacia à des fins de spéciation et de typage.

• Pneumonie

Culture pure.

Les géloses inclinées (de préférence), les géloses de n'importe quel milieu approprié et les écouvillons dans des milieux de transport sont tous acceptés. Les spécimens congelés sont également acceptés, mais le délai d'exécution pourrait être allongé.

Conserver les géloses inclinées et les écouvillons à température ambiante jusqu'à ce qu'ils soient expédiés aux fins d’analyse. Expédier les cultures en croissance active à température ambiante. Les échantillons congelés doivent être conservés à l'état congelé et expédiés sur de la glace sèche.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Infection respiratoire par le complexe Burkholderia cepacia ou autres infections chez les patients immunodéprimés.

Requête d’analyse de bactériologie spéciale dûment remplie (la version la plus récente de la demande est requise), comprenant les renseignements sur le patient et l’information clinique pertinente. Si possible, joindre les résultats des tests de laboratoire qui ont déjà été effectués par le laboratoire local et/ou provincial.

Toutes les données relatives aux antécédents du patient et à l’historique de la souche doivent être fournies. Indiquer si le patient est atteint de fibrose kystique.

Séquence du génome dérivée MLST pour Bcc à des fins de spéciation au sein du Bcc et pour le typage des souches.. Les séquences sont comparées à celles d’une base de données en ligne. 

21 jours civils.  Si le personnel ou les ressources sont limités, ou si le responsable de la base de données PubMLST doit attribuer un numéro à un nouvel allèle, la production du rapport final peut être retardée.

1. Baldwin et al.  2005.  Multilocus Sequence Typing Scheme That Provides Both Species and Strain Differentiation for the Burkholderia cepacia Complex.  JCM 43(9): 4665-4673.
2. Burkholderia cepacia complex Multi Locus Sequence Typing website (http://pubmlst.org/bcc/) developed by Keith Jolley and cited as Jolley KA, Bray JE, Maiden MCJ. Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST.org website and their applications. Wellcome Open Res. 2018 Sep 24;3:124. doi: 10.12688/wellcomeopenres.14826.1
3. Jin et al. Genome-based classification of Burkholderia cepacia complex provides new insight into its taxonomic status. Biology Direct (2020) 15:6 doi.org/10.1186/s13062-020-0258-5