Typage génomique multilocus (MLST)

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Formulaires de demande

Détails de la référence

Description:

Typage génomique multilocus du complexe Burkholderia cepacia à des fins de spéciation et de typage.

Catégorie d'analyse:
Empreintes génétiques
Agent pathogène:
Complexe Burkholderia cepacia
Infections et maladies:
  • Pneumonie
Spécimen:

Culture pure.

Méthode de prélèvement:

Les géloses en pente ou boîtes de gélose de tout milieu convenable et les écouvillons dans un milieu de transport sont tous acceptés.

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Entreposer les échantillons à une température se situant entre la température ambiante et 37 oC jusqu'à leur envoi pour analyse. Expédier à la température ambiante.

Transport des marchandises dangereuses:

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Pour obtenir des renseignements supplémentaires dans d’autres langues sur le transport de matières infectieuses, cliquez sur le lien ci-dessous.

http://www.who.int/ihr/capacity-strengthening/infectious-substances/fr/

Critères relatifs aux patients:

Infection respiratoire par le complexe Burkholderia cepacia.

Documents d'accompagnement:

Requête d’analyse de bactériologie spéciale dûment remplie, comprenant les renseignements sur le patient et l’information clinique pertinente. Si possible, joindre les résultats des tests de laboratoire effectués par le laboratoire local et/ou provincial.

 

Commentaires:

Toutes les données relatives aux antécédents du patient et à l'historique de la souche doivent être fournies.

Méthodes et interprétation des résultats:

Le typage génomique multilocus pour le complexe Burkholderia cepacia implique l'amplification et le séquençage de sept gènes cibles à des fins de spéciation à l'intérieur du complexe et de typage de la souche. Les séquences sont comparées à celles d'une base de données en ligne.

Délai d'exécution:

30 jours civils.  Si le personnel ou les ressources sont limités, ou si le responsable de la base de données PUBMLST doit attribuer un numéro à un nouvel allèle, la production du rapport final peut être retardée.

Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-2137
Télécopieur: (204) 784-7509
Références:
  1. Baldwin et al. 2005. Multilocus Sequence Typing Scheme That Provides Both Species and Strain Differentiation for the Burkholderia cepacia Complex. JCM 43(9): 4665-4673.
  2. Burkholderia cepacia complex Multi Locus Sequence Typing website (http://pubmlst.org/bcc/) developed by Keith Jolley and sited at the University of Oxford ( Jolley et al. 2004, BMC Bioinformatics, 5:86).
Fiches d'information:
Lignes directrices:
Renseignements connexes: