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Identification

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*Accrédité par le Conseil canadien des normes au laboratoire numéro 594 (ISO/IEC 17025)

Formulaires de demande

Détails de la référence

Description:

Identification d’Escherichia coli présumée.

Catégorie d'analyse:
Identification phénotypique et moléculaire
Agent pathogène:
Escherichia coli
Infections et maladies:
  • Septicémie
  • Bactériémie
  • Gastro-entérite
  • Méningite néonatale
Spécimen:

Isolat obtenu à partir des urines, des selles, du sang, de l’environnement, d’un aliment, etc.

Méthode de prélèvement:

Isolat fourni sur un milieu de culture approprié pour E. coli.

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Envoyer sur un milieu de culture ensemencé ou sur un milieu de transport approprié.  Le récipient de culture doit être étanche ou adéquatement scellé.

Transport des marchandises dangereuses:

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

 

Critères relatifs aux patients:

Gastro-entérite, septicémie, infection ou autres.

Documents d'accompagnement:

Formulaire de requête d’analyse pour la Division des maladies entériques dûment rempli.

Commentaires:

S/O

Méthodes et interprétation des résultats:

Prédiction du sérotype in silico (ECTyper)*(méthode principale)(1)

Identification phénotypique (biotypage)*(2)

Séquençage du gène codant l’ARNr 16S(3)

MALDI-TOF(4)

Remarque : Tous les isolats d’E. coli feront l’objet d’un séquençage du génome entier et d’une prédiction du sérotype in silico. Si un sérotypage classique est requis, prenez soin de l’indiquer sur le formulaire de requête d’analyse pour la Division des maladies entériques.

  1. Prédiction du sérotype in silico selon Bessonov K, Laing C, Robertson J, Yong I, Ziebell K, Gannon VPJ, Nichani A, Arya G, Nash JHE, Christianson S. ECTyper: in silico Escherichia coli serotype and species prediction from raw and
  2. Biotypage selon Murray, P.R., Baron, E.J., Jorgensen, J.H., Pfaller, M.A., Yolken, R.H., Manual of Clinical Microbiology. 2003. ASM Press. Washington, DC. USA
  3. Comparaison des séquences à celles de la base de données d’ADNr 16S du NCBI et regroupement (formation de grappes) au moyen du logiciel BioNumerics.
  4. Analyse des résultats de MALDI-TOF à l’aide de la base de données Bruker

 

 

Délai d'exécution:

21 jours civils.  À noter : Les délais d’exécution pour les isolats de routine peuvent être prolongés durant une éclosion majeure de toxiinfections alimentaires ou en raison d’une disponibilité limitée de ressources.

Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-6009
Télécopieur: (204) 789-5012
Références: