Séquençage du Génome Entier (WGS) et polymorphismes mononucléotidiques (SNP)

Approche multidimensionnelle du typage moléculaire des souches de Francisella tularensis.

Test WGS : Typage moléculaire des souches de Francisella tularensis au moyen de données de séquençage du génome entier.

Test SNP : Typage moléculaire des souches de Francisella tularensis afin de déterminer les variations génétiques entre les membres d’une espèce, au moyen de polymorphismes canonique mononucléotidiques.

• Tularémie

Culture pure.

Culture bactérienne pure – plaque ou écouvillon.

Entreposer les cultures bactériennes au réfrigérateur jusqu'à ce qu'elles soient expédiées aux fins de test.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Infection confirmée à Francisella tularensis.

Requête pour l'élaboration d'épreuves et diagnostic – microbiologie médicolégale complétée incluant le nom, l'adresse et le numéro de téléphone de l'expéditeur. Nom du patient ou identifiant (# du laboratoire qui le réfère), date de naissance, exposition présumée, test(s) demandé(s), histoire clinique. Type de spécimen et date de prélèvement. Si possible, inclure les antibiotiques administrés et les antécédents de voyage.

S/O

Test WGS : Les relations phylogénétiques et les souches de sous-type sont déterminées au moyen de données de séquençage du génome entier en fonction des variations d’une seule paire de bases (SNV) à des endroits précis du génome.

Test SNP : La PCR permettra de définir le profil SNP; les mutations qui touchent une seule paire de bases dans un locus en particulier, habituellement composé de deux allèles, seront recherchées. 

14 jours civils pour un résultat final.

1. Birdsell DN, et al. 2014 TaqMan Real-Time PCR Assays for Single-Nucleotide Polymorphisms Which Identify Francisella tularensis and ts Subspecies and Subpopulations. PLoS ONE 9(9): e107964. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0107964
2. Keim, P. 2009. Real-Time PCR Canonical SNP assay for Genotyping Francisella tularensis. Northern Arizona University. Guidelines and Standard operating Procedures for Forensic Analysis. V.20Mar09

Fiche Technique Santé-Sécurité : Agents Pathogènes – Francisella tularensis

Définitions nosologiques des maladies transmissibles faisant l'objet d'une surveillance nationale - 2009 - Tularémie

Tularémie - Foire aux questions