Génotypage par séquençage - De types cutanés

Séquençage de nouvelle génération (SNG) pour le génotypage des types de VPH cutanés.

Lésions cutanées, prélèvements par écouvillon ou biopsies. Pas de verrues communes ou plantaires. Pour les prélèvements par écouvillon, le volume minimum requis est de 1/4 de l'échantillon prélevé, soit 1,0 ml. Pour les tissus fixés, veuillez envoyer 5 coupes ou le bloc entier. Veuillez consulter les critères relatifs aux patients ci-dessous pour l'envoi de lésions cutanées.

Les écouvillons associés à des lésions visibles sont placés dans un milieu de transport. Pour toute lésion, les tissus ont été récemment prélevés par biopsie ou sont fixés.

Placez les écouvillons dans un milieu de transport et fournissez l’intégralité de l’échantillon prélevé, ou au moins 1 ml. Les échantillons prélevés par écouvillon peuvent être conservés et expédiés réfrigérés (4 °C) au LNM dans les 48 heures suivant le prélèvement, ou doivent être conservés et expédiés congelés. Les biopsies fraîches doivent être conservées congelées en permanence et expédiées sur de la glace carbonique. Les tissus fixés peuvent être conservés et expédiés à température ambiante.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Le service est offert à des fins de référence et de confirmation, uniquement lorsque le génotypage du VPH est nécessaire à la confirmation du diagnostic de lésions cutanées cancéreuses ou de lésions récidivantes ou graves d’origine incertaine et en cas de soupçons d’epidermodysplasia verruciformis. Les échantillons de verrues vulgaires ou plantaires transmis à des fins de diagnostic différentiel ne sont pas acceptés. Veuillez indiquer le site anatomique, le type de lésion, le type d’échantillon et la justification des analyses. Veuillez communiquer avec le laboratoire afin de savoir si les demandes sont recevables et conformes à notre mandat. 

Formulaire de demande « Infections sexuellement transmissibles et opportunistes » dûment rempli, comprenant le nom, l'adresse et le numéro de téléphone du laboratoire expéditeur, l'identifiant du patient, la date de naissance ou l'âge, le sexe, le numéro de référence de l'échantillon, la localisation anatomique, le type d'échantillon, le type de tumeurs cutanées malignes, la date de prélèvement, le test demandé, la raison du test et toute autre information clinique pertinente.

Demande spéciale. Ne concerne pas les tests diagnostiques de routine pour les verrues cutanées courantes ou plantaires. Veuillez contacter le laboratoire avant d’envoyer les échantillons.

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) des échantillons cliniques est réalisé selon une approche non ciblée (impartiale) (1,2). Dans cette méthode, les acides nucléiques totaux sont traités et l'ARN est transcrit en ADNc (sans traitement à la DNase), de sorte que l'ADNc et l'ADN résiduel peuvent tous deux être séquencés. Les lectures de séquençage sont filtrées pour éliminer les séquences humaines, et les lectures restantes (non humaines) sont alignées sur les bases de données de génomes de référence du VPH afin de détecter et de génotyper le VPH. Les échantillons cliniques et les tissus fixés contenant plus de 250 pg d'ARN peuvent être traités à l'aide de cette méthode. Ce test est qualitatif (et non quantitatif) ; si le VPH est détecté, le type précis de VPH est indiqué. Veuillez noter que lors de l'analyse d'échantillons fixés au formol, le VPH peut ne pas être détecté en raison d'une sensibilité réduite du test.

Les tests sont effectués, en totalité ou en partie, au moyen d’une épreuve mise au point en laboratoire qui n’a pas été entièrement validée ni vérifiée.

Ce test (génotypage du VPH à partir d'échantillons cutanés) est réalisé sur demande spéciale. Veuillez vous renseigner auprès du laboratoire pour connaître le délai d'exécution.

1. Arroyo Mühr, L S., Lagheden, C., Eklund, C., Lei, J., Nordqvist-Kleppe, S., Sparén, P., Sundström, K., Dillner, J. 2020. Sequencing detects human papillomavirus in some apparently HPV-negative invasive cervical cancers. J. Gen Virol. 101:265-270.
2. Takara Bio USA, Inc. SMART-Seq® Total RNA Library Prep with ZapR® Depletion User Manual. Takarabio.com