Détection moléculaire (RT-PCR)

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Accrédité par le Conseil canadien des normes au laboratoire numéro 594 - CAN-P-4E (ISO/IEC 17025)

Formulaires de demande

Détails de la référence

Description:

Détection moléculaire du virus de la rougeole par RT-PCR.

 

Catégorie d'analyse:
Détection moléculaire
Agent pathogène:
Virus de la rougeole
Infections et maladies:
  • Rougeole
  • Panencéphalite sclérosante subaiguë (PESS)
Spécimen:

Urine, écouvillonnage nasopharyngé, écouvillonnage de gorge. Tous les échantillons doivent être prélevés le plus tôt possible après le début de l’éruption cutanée (dans les 7 jours pour l’urine et dans les 4 jours pour les écouvillons nasopharyngés ou de gorge). Remarque : Les échantillons prélevés plus tard seront acceptés, mais la sensibilité du test ne sera pas optimale. Des isolats viraux peuvent aussi être expédiés.

 

Méthode de prélèvement:

Prélever 50 mL (minimum 10 mL) d’urine dans un contenant stérile. Pour les écouvillonnages, utiliser des écouvillons stériles approuvés pour l’isolement des virus pour le prélèvement des cellules épithéliales de la gorge ou des voies nasales. Placer les écouvillons de gorge et nasopharyngés dans 2-3 mL de milieu de transport viral (MTV) pendant au moins 1 heure. Pour l’isolat viral, prélever les cellules infectées et le milieu, et soumettre au moins 1,0 mL.

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Traiter les échantillons d’urine par centrifugation à 500 x g pendant 10 minutes, de préférence à 4 °C.  Remettre en suspension le sédiment dans 2 mL de milieu de transport viral.   Pour les écouvillons nasopharyngés ou de gorge, enlever l’écouvillon. Conserver tous les échantillons à 4 °C et les expédier sur de la glace humide de façon qu’ils arrivent au LNM dans les 48 heures suivant le prélèvement. Sinon, les congeler à -70 °C et les expédier congelés sur de la glace sèche.  Ne pas congeler les échantillons d’urine non traités.  Les isolats viraux doivent être expédiés congelés (-70 °C) sur de la glace sèche.  

 

Transport des marchandises dangereuses:

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Pour obtenir des renseignements supplémentaires dans d’autres langues sur le transport de matières infectieuses, cliquez sur le lien ci-dessous.

http://www.who.int/ihr/capacity-strengthening/infectious-substances/fr/

 

Critères relatifs aux patients:

Consulter la référence 1 pour voir les définitions nosologiques.  Dans les cas de vaccination récente, chez les enfants de un an et/ou pour les réactions post-vaccination présumées, une RT-qPCR ciblant de façon spécifique le virus vaccinal sera réalisée.

 

Documents d'accompagnement:

Requête d’analyse pour la rougeole, les oreillons et la rubéole complétée.  Indiquer la date de l’apparition de l’éruption cutanée, la date de la dernière vaccination contre la rougeole (si récent), les antécédents de voyage, et l’identifiant MARS (dans l’application de surveillance de la rougeole et de la rubéole [MARS] du RCRSP) ou numéro de cas, selon les renseignements disponibles.  Pour les réactions post-vaccination présumées, choisir «Génotypage –vaccin contre la rougeole soupçonné » sur la demande, et indiquer la date de vaccination.

 

Commentaires:

Le génotypage du virus de la rougeole est effectué automatiquement sur les échantillons dans lesquels le virus a été détecté par RT-PCR.  Les laboratoires qui procèdent à leurs propres analyses de la rougeole par RT-PCR doivent transmettre au LNM tous les échantillons positifs aux fins de surveillance et de signalement à l’Organisation mondiale de la santé.  Il est important de fournir les antécédents complets du patient (y compris les voyages) pour une surveillance génotypique adéquate.  Le LNM est un laboratoire de référence régional agréé de l’OMS/OPS pour la rougeole et la rubéole.

 

Méthodes et interprétation des résultats:

L’ARN extrait des échantillons est analysé par RT-PCR en temps réel pour les gènes de la nucléoprotéine et de l’hémagglutinine de la rougeole (2,3). Un résultat de RT-PCR positif correspond à la confirmation en laboratoire d’une infection rougeoleuse, de tout génotype. Pour les réactions post-vaccination présumées, on procède à une RT-qPCR additionnelle ciblant de façon spécifique le virus vaccinal (génotype A) pour un typage rapide (MeVA) (4). Un résultat positif pour le virus de la rougeole de génotype A (MeVA) confirme la présence du virus vaccinal.  Un résultat négatif pour le virus de la rougeole de génotype A (MeVA), accompagné d’un résultat positif à une RT-qPCR générale, concorde avec la présence d’un virus non vaccinal et un génotypage est effectué.

Délai d'exécution:

7 jours civils. Des analyses STAT seront effectuées sur demande.

 

Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-6024 or (204) 789-7055
Télécopieur: (204) 318-2222
Références:
  1. Measles and Rubella Elimination Working Group, Health Canada, Public Health Agency of Canada. Guidelines for the prevention and control of measles outbreaks in Canada. CCDR. 2013; 39:ACS-3. Available at http://www.phac-aspc.gc.ca/publicat/ccdr-rmtc/13vol39/acs-dcc-3/index-eng.php#appa.
  2. Tipples G, J Hiebert. Detection of measles, mumps and rubella viruses. Methods Mol Biol. 2011; 665: 183-193.
  3. Hummel KB, Lowe L, Bellini WJ, Rota PA. Development of quantitative gene-specific real-time RT-PCR assays for the detection of measles virus in clinical specimens. J Virol Methods. 2006; 132:166-73.
  4. Roy F, Mendoza L, Hiebert J, McNall R, Bankamp B, Connolly S, Lüdde A, Friedrich N, Mankertz A, Rota P, Severini A. Rapid identification of measles virus vaccine genotypes by real time PCR. J Clin Microbiol. 2017 Mar;55(3):735-743.
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