Détection moléculaire et génotypage
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Détails de la référence
Détection moléculaire du virus des oreillons par RT-PCR en temps réel et génotypage des échantillons positifs.
- Oreillons
Urine (prélever dans les 2 semaines suivant le début de la maladie), écouvillonnage buccal/de la glande parotide ou de gorge, salive (prélever dans les 5 jours suivant le début de la maladie). Remarque : Les échantillons prélevés plus tard seront acceptés, mais la sensibilité du test ne sera pas optimale. Un échantillon de LCR peut être soumis dans les cas de méningite/encéphalite. Des isolats viraux peuvent aussi être expédiés.
Prélever 50 mL (minimum 10 mL) d'urine dans un contenant stérile. Pour les écouvillonnages, utiliser des écouvillons stériles approuvés pour l'isolement des virus et les placer dans 2-3 mL de milieu de transport viral (MTV) pendant au moins 1 heure. Pour l'isolat viral, prélever les cellules infectées et le milieu, et soumettre au moins 1,0 mL. Pour le LCR, soumettre au moins 0.5 mL dans un flacon à prélèvement stérile.
Traiter les échantillons d’urine par centrifugation à 500 x g pendant 10 minutes, de préférence à 4 °C. Remettre le sédiment en suspension dans 2 mL de milieu de transport viral. Pour les écouvillons, enlever l’écouvillon. Conserver tous les échantillons à 4 °C et les expédier sur de la glace humide de façon qu’ils arrivent au LNM dans les 2 jours suivant le prélèvement. Sinon, les congeler à -70 °C et les expédier congelés sur de la glace sèche. Ne pas congeler les échantillons d’urine non traités. Les isolats viraux doivent être expédiés congelés (-70 °C) sur de la glace sèche.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Forte fièvre, fatigue et parotidite unilatérale ou bilatérale. Cas suspects de méningite/encéphalite d'oreillons.
Requête d’analyse pour la rougeole, les oreillons et la rubéole complétée. Indiquer la date de début des symptômes, la date de la dernière vaccination contre les oreillons (si récent) et les antécédents de voyage.
Les laboratoires qui procèdent à leurs propres analyses de la rougeole par RT-PCR doivent transmettre au LNM tous les échantillons positifs aux fins de surveillance et de signalement à l’Organisation mondiale de la santé. Il est important de fournir les antécédents complets du patient (y compris les voyages) pour une surveillance génotypique adéquate. Le LNM est un laboratoire de référence régional agréé de l’OMS/OPS pour la rougeole et la rubéole. D’autres régions ou le génome entier peuvent être séquencés à partir d’échantillons positifs pour la RT-PCR des oreillons à des fins de surveillance virale et d’épidémiologie moléculaire.
L’ARN extrait des échantillons est analysé par RT-PCR en temps réel pour le gène de fusion des oreillons (2). Un résultat positif par RT-PCR est une confirmation en laboratoire d’une infection d’oreillons. Le petit gène hydrophobe (SH) des échantillons positifs est amplifié par RT-PCR conventionnelle et soumis à un séquençage pour déterminer le génotype du virus des oreillons (1).
Détection moléculaire: 7 jours civils. Génotypage: 21 jours civils. Des analyses STAT seront effectuées sur demande. Remarque : L’obtention des résultats du génotypage peut être retardée durant les éclosions. Il est possible qu’on doive trier les échantillons et traiter en priorité les cas attribuables à un virus nouvellement importé ou observé dans une région, de même que les cas potentiellement dus à un vaccin, au détriment des cas liés à l’éclosion d’un génotype déjà connu. Durant les éclosions de la rougeole, le génotypage des cas d’oreillons se verra accorder une priorité inférieure. Veuillez communiquer avec le laboratoire pour toute demande urgente.
- World Health Organization. Mumps virus nomenclature update: 2012. Weekly Epidemiological Record 2012; 87: 217-224.
- Uchida K, M Shinohara, S Shimada et al. Rapid and sensitive detection of mumps virus RNA directly from clinical samples by real-time PCR. J Med Virology 2005;75:470–4.
- Public Health Agency of Canada. Laboratory guidelines for the diagnosis of mumps. CCDR. 2010; 36S1: 37-41.
- Tipples G, J Hiebert. Detection of measles, mumps and rubella viruses. Methods Mol Biol. 2011; 665: 183-193.