Identification des espèces des mycobactéries non tuberculeuses (MNT)

L’identification des espèces des mycobactéries non tuberculeuses (MNT) d’après le «LPSN» (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, auteur: J.P. Euzeby). Le test est effectué en utilisant une combinaison de spectrométrie de masse à temps de vol à désorption-ionisation par impact laser assistée par matrice (SM TOF MALDI)* et/ou de cibles moléculaires basées sur les séquences.

La croissance sur milieu solide ou sous forme liquide de la culture pure.  

• Pour la croissance sur milieu solide les colonies isolées sur milieu en boîte de Pétri. 
• Pour les cultures sous forme liquide, un volume minimum de 4 mL de culture en croissance active
• La croissance des espèces de Mycobacterium à croissance lente doit être visible et ne doit pas dépasser l’âge de 4 semaines.
• La croissance des espèces de Mycobacterium à croissance rapide doit être visible et ne doit pas dépasser l’âge de 10 jours.
• Les cultures ayant une croissance inadéquate, qui faisant l’objet d’une contamination, ou qui comprenant plus d’une espèce de Mycobacteriumne seront pas traitées et une nouvelle culture sera demandée.

S/O

Expédier toutes les cultures à température ambiante (NE PAS congeler) pour livraison le lendemain, et avant le mercredi de chaque semaine pour s'assurer qu'elles soient livrées au plus tard le vendredi.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Néant

Un avis d’envoi d’échantillon doit être transmis par courriel ou par télécopieur avant l’expédition des isolats. Les échantillons doivent être expédiés à l’attention de : Melissa Rabb, cheffe des Services de référence et de diagnostic, 204-789-6081/204-789-6038. Une requête d’analyse pour le CNRM doit être remplie et signée par le superviseur ou par la personne désignée comme responsable du laboratoire de santé publique provincial ou territorial expéditeur; elle doit indiquer la source de l’échantillon, le sexe du patient, la date de naissance et les antécédents cliniques du patient, l’identifiant du laboratoire expéditeur, et les coordonnées de l’expéditeur. Veuillez également mentionner les caractéristiques des isolats : microscopie, pigmentation, caractéristiques de la culture, température/taux de prolifération et l’identification. Le CNRM fournira les résultats au laboratoire de santé publique provincial ou territorial qui a présenté la demande; celui-ci est ensuite responsable de communiquer les résultats au laboratoire ou au médecin local concerné.

Les cultures seront rejetées si les documents nécessaires sont incomplets ou manquants.

L’identification des espèces sera déterminée principalement au moyen d’un appareil MALDI-TOF. Le séquençage des fragments du gène hsp65 ou du gène de l’ARNr 16S pourrait être utilisé pour approfondir la différenciation ou confirmer une identification présentée, selon les besoins.  L’identification se fera par une comparaison des données aux bases de données dont la qualité est contrôlée à l’interne.  S’il est déterminé que l’isolat appartient au complexe Mycobacterium tuberculosis, il fera automatiquement l’objet d’une différenciation moléculaire visant à établir son espèce.

Tests courants avec mise en culture : 10 jours civils à partir de la date de réception de l'échantillon.

1. Turenne CY, Tschetter L, Wolfe J, Kabani A. (2001) Necessity of quality-controlled 16S rRNA gene sequence databases: identifying nontuberculous Mycobacterium species. J Clin Microbiol. 39:3637-48.
2. Brunello F, Ligozzi M, Cristelli E, Bonora S, Tortoli E, and Fontana R. (2001) Identification of 54 mycobacterial species by PCR-restriction fragment length polymorphism analysis of the hsp65 gene. J. Clin. Microbiol. 39:2799-2806.