Génotypage par la méthode des unités répétitives dispersées sur le génome mycobactérien – nombre variable de répétitions en tandem (MIRU-VNTR)

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Accrédité par le Conseil canadien des normes au laboratoire numéro 594 (ISO/IEC 17025)

Formulaires de demande

Détails de la référence

Description:

PCR/génotypage moléculaire d'isolats du CMTB, basé sur l'analyse dunombre variable de répétitions en tandem pour déterminer le lien génétique entre les souches.

Catégorie d'analyse:
Différenciation moléculaire
Agent pathogène:
Mycobacterium tuberculosis
Infections et maladies:
  • Tuberculose (TB)
Spécimen:

La croissance sur milieu solide ou sous forme liquide

  • Pour la croissance sur milieu solide, les colonies isolées sur milieu en boîte de Pétri.  La croissance du CMTB doit être visible et ne doit pas dépasser l’âge de 4 semaines.
  • Pour les cultures sous forme liquide, un volume minimum de 4 mL de culture en croissance active
  • Les cultures ayant une croissance inadéquate, qui faisant l’objet d’une contamination, ou qui comprenant plus d’une espèce de Mycobacterium ne seront pas traitées et une nouvelle culture sera demandée.
Méthode de prélèvement:

S/O (Soumettre la culture seulement).

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Expédier toutes les cultures à température ambiante (NE PAS congeler) pour livraison le lendemain, et avant le mercredi de chaque semaine pour s'assurer qu'elles soient livrées au plus tard le vendredi.

Transport des marchandises dangereuses:

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Pour obtenir des renseignements supplémentaires dans d’autres langues sur le transport de matières infectieuses, cliquez sur le lien ci-dessous.

http://www.who.int/ihr/capacity-strengthening/infectious-substances/fr/

 

Critères relatifs aux patients:

Idéalement, on devrait utiliser la première culture positive prélevée d’un patient tuberculeux pour le génotypage de la tuberculose. Des cultures subséquentes peuvent être analysées au besoin. Il importe de préciser dans la demande si un isolat antérieur du patient a été analysé ou si la culture doit être analysée pour les besoins d’une enquête sur une contamination.

Documents d'accompagnement:

Un avis d’envoi d’échantillon doit être transmis par courriel ou par télécopieur avant l’expédition des isolats. Les échantillons doivent être expédiés à l’attention de : Catherine Yoshida, chef des Services de référence et de diagnostic, 204-789-2136.  La réquisition du CNRM doit être complétée, signée par le superviseur/ou la personne désignée du laboratoire expéditeur et inclure l’origine du spécimen, le sexe et la date de naissance du patient, l’histoire clinique et l’informations sur l’identifiant du laboratoire et la personne-ressource (requérant).  Veuillez préciser les caractéristiques des isolats, y compris les résultats de microscopie et le taux de croissance, au besoin.  Les demandes d’analyse urgente doit être accompagnée d’une justification.

Commentaires:

Les cultures seront rejetées si les documents nécessaires sont incomplets ou manquants.

Méthodes et interprétation des résultats:

Le profil MIRU-VNTR sera déterminé selon les lignes directrices techniques présentées dans le guide « Multilocus Variable Number Tandem Repeat Genotyping of Mycobacterium tuberculosis Technical Guide ». Les profils MIRU-VNTR à 24 loci seront accompagnés d’un dendrogramme comprenant d’autres souches étroitement apparentées de la province à l’origine de la demande.  L’ordre des loci est 0154-MIRU 02, 0580-MIRU 04, 0960-MIRU 10, 1644 - MIRU 16, 2059-MIRU 20, 2531-MIRU 23, 2687-MIRU 24, 2996-MIRU 26, 3007-MIRU 27, 3192-MIRU 31, 4348-MIRU 39, 0802-MIRU 40, 0424-Mtub 04, 0577-ETR C, 1955-Mtub 21, 2163b-QUB 11b, 2165-ETR A, 2347-Mtub 29, 2401-Mtub 30, 2461-ETR B, 3171-Mtub 34, 3690-Mtub 39, 4052-QUB 26, 4156-QUB 4156.

Délai d'exécution:

Tests courants avec mise en culture : 30 jours civils à partir de la date de réception de l'échantillon.

Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-2136 or (204) 789-6038
Télécopieur: (204) 789-2036
Références:
  1. Technical guidelines can be accessed in the Multilocus Variable Number Tandem Repeat Genotyping of Mycobacterium tuberculosis Technical Guide available at the following website: http://www.miru-vntrplus.org/MIRU/files/MIRU-VNTRtypingmanualv6.pdf
  2. Supply P, Lesjean S, Savine E, Kremer K, van Soolingen D, and Locht C. (2001). Automated high-throughput genotyping for study of global epidemiology of Mycobacterium tuberculosis based on mycobacterial interspersed repetitive units. J. Clin. Microbiol. 39:3563-3571.
  3. Blackwood KS, Wolfe JN, Kabani AM. (2004) Application of mycobacterial interspersed repetitive unit typing to Manitoba tuberculosis cases: can restriction fragment length polymorphism be forgotten? J Clin Microbiol. 42:5001-6.
  4. de Beer J, Kremer K, Kodmon C, Supply P, van Soolingen. (2011). First Worldwide Proficiency study on Variable-Number Tandem Repeat Typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains. J Clin Microbiol. 50: 662-669.
  5. Christianson S, Wolfe J, Orr P, Karlowsky J, Levett PN, Horsman GB, Thibert L, Tang P, Sharma MK. Evaluation of 24 locus MIRU-VNTR genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates in Canada. 2010. Tuberculosis 90:31-38