Génotypage par la méthode des unités répétitives dispersées sur le génome mycobactérien – nombre variable de répétitions en tandem (MIRU-VNTR)
<<Retourner au laboratoireAccrédité par le Conseil canadien des normes au laboratoire numéro 594 (ISO/IEC 17025)
Formulaires de demande
Détails de la référence
PCR/génotypage moléculaire d'isolats du CMTB, basé sur l'analyse dunombre variable de répétitions en tandem pour déterminer le lien génétique entre les souches.
- Tuberculose (TB)
La croissance sur milieu solide ou sous forme liquide de la culture pure.
- Pour la croissance sur milieu solide, les colonies isolées sur milieu en boîte de Pétri. La croissance du CMTB doit être visible et ne doit pas dépasser l’âge de 4 semaines.
- Pour les cultures sous forme liquide, un volume minimum de 4 mL de culture en croissance active
- Les cultures ayant une croissance inadéquate, qui faisant l’objet d’une contamination, ou qui comprenant plus d’une espèce de Mycobacterium ne seront pas traitées et une nouvelle culture sera demandée.
S/O (Soumettre la culture seulement).
Expédier toutes les cultures à température ambiante (NE PAS congeler) pour livraison le lendemain, et avant le mercredi de chaque semaine pour s'assurer qu'elles soient livrées au plus tard le vendredi.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Idéalement, on devrait utiliser la première culture positive prélevée d’un patient tuberculeux pour le génotypage de la tuberculose. Des cultures subséquentes peuvent être analysées au besoin. Il importe de préciser dans la demande si un isolat antérieur du patient a été analysé ou si la culture doit être analysée pour les besoins d’une enquête sur une contamination.
Un avis d’envoi d’échantillon doit être transmis par courriel ou par télécopieur avant l’expédition des isolats. Les échantillons doivent être expédiés à l’attention de : Melissa Rabb, cheffe des Services de référence et
de diagnostic, 204-789-6081/204-789-6038. Une requête d’analyse pour le CNRM doit être remplie et signée par le superviseur ou par la personne désignée comme responsable du laboratoire de santé publique provincial ou territorial expéditeur; elle doit indiquer la source de l’échantillon, le sexe du patient, la date de naissance et les antécédents cliniques du patient, l’identifiant du laboratoire expéditeur et les coordonnées de l’expéditeur. Veuillez également inclure les caractéristiques de l'isolat, y compris la microscopie et le taux de croissance, si cela est pertinent. Le CNRM fournira les résultats au laboratoire de santé publique provincial ou territorial qui a présenté la demande; celui-ci est ensuite responsable de communiquer les résultats au laboratoire ou au médecin local concerné.
Les cultures seront rejetées si les documents nécessaires sont incomplets ou manquants.
Le profil MIRU-VNTR sera déterminé selon les lignes directrices techniques présentées dans le guide « Multilocus Variable Number Tandem Repeat Genotyping of Mycobacterium tuberculosis Technical Guide ». Les profils MIRU-VNTR à 24 loci seront accompagnés d’un dendrogramme comprenant d’autres souches étroitement apparentées de la province à l’origine de la demande. L’ordre des loci est 0154-MIRU 02, 0580-MIRU 04, 0960-MIRU 10, 1644-MIRU 16, 2059-MIRU 20, 2531-MIRU 23, 2687-MIRU 24, 2996-MIRU 26, 3007-MIRU 27, 3192-MIRU 31, 4348-MIRU 39, 0802-MIRU 40, 0424-Mtub 04, 0577-ETR C, 1955-Mtub 21, 2163b-QUB 11b, 2165-ETR A, 2347-Mtub 29, 2401-Mtub 30, 2461-ETR B, 3171-Mtub 34, 3690-Mtub 39, 4052-QUB 26, 4156-QUB 4156.
Tests courants avec mise en culture : 30 jours civils à partir de la date de réception de l'échantillon.
- Technical guidelines can be accessed in the Multilocus Variable Number Tandem Repeat Genotyping of Mycobacterium tuberculosis Technical Guide available at the following website: http://www.miru-vntrplus.org/MIRU/files/MIRU-VNTRtypingmanualv6.pdf
- Supply P, Lesjean S, Savine E, Kremer K, van Soolingen D, and Locht C. (2001). Automated high-throughput genotyping for study of global epidemiology of Mycobacterium tuberculosis based on mycobacterial interspersed repetitive units. J. Clin. Microbiol. 39:3563-3571.
- Blackwood KS, Wolfe JN, Kabani AM. (2004) Application of mycobacterial interspersed repetitive unit typing to Manitoba tuberculosis cases: can restriction fragment length polymorphism be forgotten? J Clin Microbiol. 42:5001-6.
- de Beer J, Kremer K, Kodmon C, Supply P, van Soolingen. (2011). First Worldwide Proficiency study on Variable-Number Tandem Repeat Typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains. J Clin Microbiol. 50: 662-669.
- Christianson S, Wolfe J, Orr P, Karlowsky J, Levett PN, Horsman GB, Thibert L, Tang P, Sharma MK. Evaluation of 24 locus MIRU-VNTR genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates in Canada. 2010. Tuberculosis 90:31-38