Différenciation des espèces du complexe M. tuberculosis (CMTB) par méthode moléculaire
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Différenciation (spéciation) des mycobactéries du CMTB par l’analyse des données issues du séquençage du génome entier – Le CMTB regroupe des espèces étroitement apparentées, dont les bactéries Mycobacterium tuberculosis (y compris les variants M. canettii (1,2) et M. orygis (2,3) [noms n’ayant pas été publiés de manière valide], ainsi que certaines lignées animales rares), M. bovis, M. bovis du BCG, M. africanum (lignées 5 et 6) (4), M. caprae, M. microti et M. pinnipedii (5).
- Tuberculose (TB)
Le test sera réalisé à partir de cultures déjà identifiées comme renfermant des mycobactéries du CMTB; il ne convient pas aux échantillons cliniques. La méthode s’applique aux milieux de culture solides et liquides, mais son utilisation est optimale en milieu solide. En cas de culture en milieu solide, il faut que la croissance visible soit de moins de six semaines, et les colonies isolées sur plaque sont préférables. Les cultures liquides doivent être considérées comme positives selon la détection BACTEC MGIT 960 et avoir un volume d’au moins 4 ml. Les cultures dont la croissance ou le volume ne conviennent pas, et celles qui sont contaminées par d’autres espèces de bactéries ou de mycobactéries seront rejetées.
S/O
Expédier toutes les cultures à température ambiante (NE PAS congeler) pour livraison le lendemain, et avant le mercredi de chaque semaine pour s'assurer qu'elles soient livrées au plus tard le vendredi.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Le test sera réalisé sur toutes les cultures transmises identifiées comme renfermant des mycobactéries du CMTB et sur les cultures que le CNRM aura identifiées comme renfermant des mycobactéries du CMTB.
Un avis d’envoi d’échantillon doit être transmis par courriel ou par télécopieur avant l’expédition des isolats. Les échantillons doivent être expédiés à l’attention de : Melissa Rabb, chef des Services de référence et de diagnostic, 204-789-6081/204-789-6038. La réquisition du CNRM et la requête d'analyse pour typage des isolats de complexe M. tuberculosis doivent être complétées, signées par le superviseur/ou la personne désignée du laboratoire expéditeur et inclure l’origine du spécimen, le sexe et la date de naissance du patient, l’histoire clinique et l’informations sur l’identifiant du laboratoire et la personne-ressource (requérant). Veuillez préciser les caractéristiques des isolats : la microscopie, la pigmentation, les caractéristiques des cultures, la vitesse et température de croissance, et l’identification. Les demandes d’analyse urgente doit être accompagnée d’une justification.
Les cultures acheminées seront rejetées et elles devront être expédiées de nouveau si la croissance est inadéquate ou en présence de contamination. Les cultures seront rejetées si les documents et la justification sont incomplets ou manquants.
L’identification des espèces se fera par l’analyse des polymorphismes mononucléotidiques sources de renseignements phylogénétiques, à partir de la séquence du génome entier (6,7), au moyen de l’outil de bio-informatique Biohansel (8). Cette méthode permet d’identifier toutes les mycobactéries du complexe M. tuberculosis portant un nom de publication valide, ainsi que certaines espèces dont le nom n’a pas été publié de manière valide, telles que les variants M. canettii (1,2) et M. orygis (2,3), et certaines lignées animales rares.
Tests courants avec mise en culture : 20 jours civils à partir de la date de réception de l'échantillon.
- Pfyffer GE, Auckenthaler R, van Embden JD, van Soolingen D. Mycobacterium canettii, the smooth variant of M. tuberculosis, isolated from a Swiss patient exposed in Africa. Emerg Infect Dis. 1998;4: 631–634. doi:10.3201/eid0404.980414.
- Riojas MA, McGough KJ, Rider-Riojas CJ, Rastogi N, Hazbón MH. Phylogenomic analysis of the species of the Mycobacterium tuberculosis complex demonstrates that Mycobacterium africanum, Mycobacterium bovis, Mycobacterium caprae, Mycobacterium microti and Mycobacterium pinnipedii are later heterotypic synonyms of Mycobacterium tuberculosis. Int J Syst Evol Microbiol. 2017; doi:10.1099/ijsem.0.002507.
- van Ingen J, Rahim Z, Mulder A, Boeree MJ, Simeone R, Brosch R, et al. Characterization of Mycobacterium orygis as M. tuberculosis complex subspecies. Emerg Infect Dis. 2012;18: 653–655. doi:10.3201/eid1804.11088.
- Coll F, McNerney R, Guerra-Assunção JA, Glynn JR, Perdigão J, Viveiros M, et al. A robust SNP barcode for typing Mycobacterium tuberculosis complex strains. Nat Commun. 2014;5: 4812. doi:10.1038/ncomms5812.
- Cousins DV, Bastida R, Cataldi A, Quse V, Redrobe S, Dow S, et al. Tuberculosis in seals caused by a novel member of the Mycobacterium tuberculosis complex: Mycobacterium pinnipedii sp. nov. Int J Syst Evol Microbiol. 2003;53: 1305–1314. doi:10.1099/ijs.0.02401-0.
- Niemann S, Harmsen D, Rüsch-Gerdes S, Richter E. Differentiation of clinical Mycobacterium tuberculosis complex isolates by gyrB DNA sequence polymorphism analysis. J Clin Microbiol. 2000;38: 3231–3234. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10970363.
- Samuel Lipworth, Rana Jajou, Albert de Neeling, Phelim Bradley, Wim van der Hoek, Gugu Maphalala, et al. SNP-IT Tool for Identifying Subspecies and Associated Lineages of Mycobacterium tuberculosis Complex. Emerging Infectious Disease journal. 2019;25: 482. doi:10.3201/eid2503.180894.
- A robust genotyping scheme for Salmonella enterica serovar Heidelberg clones circulating in North America. Geneviève Labbé, James Robertson, Peter Kruczkiewicz, Marisa Rankin, Matthew Gopez, Chad R. Laing, Philip Mabon, Kim Ziebell, Aleisha R. Reimer, Lorelee Tschetter, Gary Van Domselaar, Sadjia Bekal, Kimberley A. MacDonald, Linda Hoang, Linda Chui, Danielle Daignault, Durda Slavic, Frank Pollari, E. Jane Parmley, Elissa Giang, Lok Kan Lee, Jonathan Moffat, Joanne MacKinnon, Roger Johnson, John H.E. Nash. [Manuscript in preparation].