Détection moléculaire et génotypage
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Détection moléculaire du virus de la rubéole par RT-PCR en temps réel et génotypage des échantillons positifs.
- Rubéole
- Syndrome de rubéole congénitale
- Infection rubéoleuse congénitale
Écouvillonnage nasopharyngé, écouvillonnage de gorge, urine. Tous les échantillons doivent être prélevés le plus tôt possible après le début de l’éruption cutanée (dans les 7 jours). Remarque : Les échantillons prélevés plus tard seront acceptés, mais la sensibilité du test ne sera pas optimale. Pour les cas d’IRC/SRC, prélever de l’urine et des écouvillons nasopharyngés ou de gorge dans les premiers mois suivant la naissance. Des isolats viraux peuvent aussi être expédiés. D’autres types d’échantillons peuvent être acceptés. Cependant, veuillez contacter le Laboratoire des exanthèmes viraux avant de les soumettre.
Prélever 50 mL (minimum 10 mL) d’urine dans un contenant stérile. Pour les écouvillonnages, utiliser des écouvillons stériles approuvés pour l’isolement des virus pour le prélèvement des cellules épithéliales de la gorge ou des voies nasales. Placer les écouvillons dans 2-3 mL de milieu de transport viral (MTV) pendant au moins 1 heure. Pour l’isolat viral, prélever les cellules infectées et le milieu, et soumettre au moins 1,0 mL.
Traiter les échantillons d’urine par centrifugation à 500 x g pendant 10 minutes, de préférence à 4 °C. Remettre en suspension le sédiment dans 2 mL de milieu de transport viral. Pour les petits volumes d’urine (cas d’IRC/SRC), remettre le sédiment en suspension dans au moins 0,5 mL de MTV. Pour les écouvillons, enlever l’écouvillon. Conserver tous les échantillons à 4 °C et les expédier sur de la glace humide de façon qu’ils arrivent au LNM dans les 48 heures suivant le prélèvement. Sinon, les congeler à -70 °C et les expédier congelés sur de la glace sèche. Ne pas congeler les échantillons d’urine non traités. Les isolats viraux doivent être expédiés congelés (-70 °C) sur de la glace sèche.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
- Présomption d’infection de rubéole (habituellement avec fièvre, éruption et au moins une des manifestations suivantes : arthralgie/ arthrite, lymphadénopathie ou conjonctivite) ou antécédents d’exposition à un cas confirmé de rubéole.
- Présomption d’infection de rubéole congénitale (IRC) / Syndrome de rubéole congénitale (SRC).
Requête d’analyse pour la rougeole, les oreillons et la rubéole complétée. Indiquer la date de l’apparition de l’éruption cutanée, la date de la dernière vaccination contre la rubéole (si récent), les antécédents de voyage, les antécédents de l’exposition à la rubéole, et/ou l’identifiant MARS (Surveillance de la rougeole, de la rubéole, du SRC/de l’IRC du RCRSP), selon les renseignements disponibles.
Il est important de fournir les antécédents complets du patient (y compris les voyages) pour une surveillance génotypique adéquate. Les séquences virales (les 739 nucléotides de la glycoprotéine E1) seront versées dans la base de données sur les séquences nucléotidiques du virus de la rubéole de l’OMS (RubeNS, 1) et peuvent être publiées dans GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank). Des régions supplémentaires ou le génome entier peuvent également être séquencés à des fins de surveillance. Le LNM est un laboratoire de référence régional agréé de l’OMS/OPS pour la rougeole et la rubéole.
L’ARN extrait des échantillons est amplifié par RT-PCR en temps réel ciblant les gènes E1 et p150 du virus de la rubéole (4). Un résultat positif par RT-PCR est une confirmation en laboratoire du virus de la rubéole. Une partie du gène E1 des échantillons positifs est amplifiée par RT-PCR classique et une région normalisée par l’OMS de la glycoprotéine E1 (739 nucléotides) est séquencée en vue de la détermination du génotype du virus de la rubéole (1-3).
Détection moléculaire: 7 jours civils. Génotypage: 21 jours civils. Des analyses STAT seront effectuées sur demande.
- World Health Organization. Rubella virus nomenclature update: 2013. WER. 2013;88:337-348.
- World Health Organization. Standardization of the nomenclature for genetic characteristics of wildtype rubella viruses. WER. 2005:80:126-132.
- World Health Organization. Manual for the laboratory diagnosis of measles and rubella virus infection. Third edition. 2018. Available at https://www.technet-21.org/en/topics/laboratory-measles-rubella-manual
- Schulz H, Neale M, Zubach V, Severini A, Hiebert J. Development of a rapid, internally controlled, two target, real-time RT-PCR for detection of rubella virus. J Virol Methods. 2022 May;303:114500. doi: 10.1016/j.jviromet.2022.114500. Epub 2022 Feb 22. PMID: 35217102.