Détection moléculaire et génotypage

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Accrédité par le Conseil canadien des normes au laboratoire numéro 594 - CAN-P-4E (ISO/IEC 17025)

Formulaires de demande

Détails de la référence

Description:

Détection moléculaire du virus de la rubéole par RT-PCR en temps réel et génotypage des échantillons positifs.

Catégorie d'analyse:
Détection moléculaire et Génotypage
Agent pathogène:
Virus de la rubéole
Infections et maladies:
  • Rubéole
  • Infection rubéoleuse congénitale
  • Syndrome de rubéole congénitale
Spécimen:

Écouvillonnage nasopharyngé,  écouvillonnage de gorge, urine.  Tous les échantillons doivent être prélevés le plus tôt possible après le début de l’éruption cutanée (dans les 5 jours).   Remarque : Les échantillons prélevés plus tard seront acceptés, mais la sensibilité du test ne sera pas optimale.  Pour les cas d’IRC/SRC, prélever de l’urine et des écouvillons nasopharyngés ou de gorge dans les premiers mois suivant la naissance.  Des isolats viraux peuvent aussi être expédiés.  D’autres types d’échantillons peuvent être acceptés à des fins de recherche. Cependant, veuillez contacter le Laboratoire des exanthèmes viraux avant de les soumettre.

Méthode de prélèvement:

Prélever 50 mL (minimum 10 mL) d’urine dans un contenant stérile.  Pour les écouvillonnages, utiliser des écouvillons stériles approuvés pour l’isolement des virus pour le prélèvement des cellules épithéliales de la gorge ou des voies nasales.  Placer les écouvillons dans 2-3 mL de milieu de transport viral (MTV) pendant au moins 1 heure.  Pour l’isolat viral, prélever les cellules infectées et le milieu, et soumettre au moins 1,0 mL.  

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Traiter les échantillons d’urine par centrifugation à 500 x g pendant 10 minutes, de préférence à 4 °C.  Remettre en suspension le sédiment dans 2 mL de milieu de transport viral.  Pour les petits volumes d’urine (cas d’IRC/SRC), remettre le sédiment en suspension dans au moins 0,5 mL de MTV.  Pour les écouvillons, enlever l’écouvillon. Conserver tous les échantillons à 4 °C et les expédier sur de la glace humide de façon qu’ils arrivent au LNM dans les 48 heures suivant le prélèvement. Sinon, les congeler à -70 °C et les expédier congelés sur de la glace sèche.  Ne pas congeler les échantillons d’urine non traités.  Les isolats viraux doivent être expédiés congelés (-70 °C) sur de la glace sèche. 

Transport des marchandises dangereuses:

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Pour obtenir des renseignements supplémentaires dans d’autres langues sur le transport de matières infectieuses, cliquez sur le lien ci-dessous.

http://www.who.int/ihr/capacity-strengthening/infectious-substances/fr/

Critères relatifs aux patients:
  1. Présomption d’infection de rubéole (habituellement avec fièvre, éruption et au moins une des manifestations suivantes : arthralgie/ arthrite, lymphadénopathie ou conjonctivite) ou antécédents d’exposition à un cas confirmé de rubéole.
  2. Présomption d’infection de rubéole congénitale (IRC) / Syndrome de rubéole congénitale (SRC).
Documents d'accompagnement:

Requête d’analyse pour la rougeole, les oreillons et la rubéole complétée.  Indiquer la date de l’apparition de l’éruption cutanée, la date de la dernière vaccination contre la rubéole (si récent), les antécédents de voyage, les antécédents de l’exposition à la rubéole, et/ou l’identifiant MARS (Surveillance de la rougeole, de la rubéole, du SRC/de l’IRC du RCRSP), selon les renseignements disponibles.

Commentaires:

Il est important de fournir les antécédents complets du patient (y compris les voyages) pour une surveillance génotypique adéquate.  Les séquences virales (les 739 nucléotides de la glycoprotéine E1) seront versées dans la base de données sur les séquences nucléotidiques du virus de la rubéole de l’OMS (RubeNS, 1) et peuvent être publiées dans GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank).  Le LNM est un laboratoire de référence régional agréé de l’OMS/OPS pour la rougeole et la rubéole.

Méthodes et interprétation des résultats:

L’ARN extrait des échantillons est analysé par RT-PCR en temps réel pour le gène E1 et analysée par analyse de la courbe de fusion. Une température de demi-dénaturation située à l’intérieur d’un intervalle prédéterminé est un résultat positif par RT-PCR et une confirmation en laboratoire du virus de la rubéole.  Une partie du gène E1 des échantillons positifs est amplifiée par RT-PCR classique et une région normalisée par l’OMS est séquencée en vue de la détermination du génotype du virus de la rubéole (1).

Délai d'exécution:

Détection moléculaire: 7 jours civils.  Génotypage:  21 jours civils.  Des analyses STAT seront effectuées sur demande. 

Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-6024 or (204) 789-7055
Télécopieur: (204) 318-2222
Références:
  1. World Health Organization. Rubella virus nomenclature update: 2013. WER.  2013;88:337-348.
  2. Tipples G, J Hiebert. Detection of measles, mumps and rubella viruses. Methods Mol Biol. 2011; 665: 183-193.
  3. World Health Organization.  Standardization of the nomenclature for genetic characteristics of wildtype rubella viruses. WER. 2005:80:126-132.
  4. World Health Organization. Manual for the laboratory diagnosis of measles and rubella virus infection. Third edition. 2018. Available at https://www.who.int/immunization/monitoring_surveillance/burden/laboratory/manual/en/
Renseignements connexes: