Le séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S et le séquençage ciblant un gène secondaire dans des cultures pures

PCR du gène codant pour l’ARNr 16S*, séquençage et analyse. Le séquençage ciblant un gène secondaire et l’analyse sont utilisés de façon complémentaire au séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S. Le choix du gène secondaire à cibler dépend des résultats du séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S.

• Varié

Cultures pures d’isolats associés à une maladie clinique ou d’isolats provenant de l’environnement.

Les géloses inclinées (de préférence), les géloses de n'importe quel milieu approprié et les écouvillons dans des milieux de transport sont tous acceptés Les échantillons envoyés à des fins d’isolement ou d’identification de bactéries anaérobies strictes doivent être exempts d’oxygène. Utiliser un milieu de transport préréduit stérilisé de façon anaérobie (PRAS), un milieu de transport Cary-Blair ou un bouillon à la viande cuite PRAS. Les échantillons peuvent être soumis sous congélation dans des milieux de congélation appropriés.

Conserver et expédier en croissance active les échantillons à la température ambiante. Les échantillons congelés doivent être expédiés sur de la glace sèche.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Maladie clinique avec symptômes évoquant une infection bactérienne.

Requête d’analyse de bactériologie spéciale dûment remplie (la version la plus récente de la demande est requise), comprenant les renseignements sur le patient et l’information clinique pertinente. Si possible, joindre les résultats des tests de laboratoire qui ont déjà été effectués par le laboratoire local et/ou provincial.

Les antécédents du patient et l’historique de la souche doivent être fournis. Les bactéries entériques, les mycobactéries, les agents nosocomiaux courants (SARM, ERV), les bactéries du genre Neisseria, les eucaryotes et les bactéries appartenant au groupe de risque 3 ne sont PAS acceptés par l’unité de bactériologie spéciale. Veuillez noter que les dupliquer les isolats bactériens provenant de la même source, du même patient et identifiés par l’expéditeur comme étant le même organisme, nécessiteront une explication pour que les analyses de tous les échantillons soient réalisées. Il appartient au laboratoire pour les cas spéciaux de bactériologie d’accepter ou de rejeter les échantillons supplémentaires. Veuillez communiquer avec le laboratoire pour de plus amples renseignements. Consulter le Guide des services pour connaître les services d’analyse offerts par le LNM.   

Les résultats du séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S et du séquençage ciblant un gène secondaire (s’il y a lieu) sont comparés à ceux des bases de données publiques (GenBank) et aux souches types connues.

Délai de 15 jours civils. La production du rapport peut être retardée si le personnel ou les ressources sont limités ou s’il s’agit de microorganismes à croissance lente ou faible.  Dans les cas où d’autres analyses sont nécessaires, la production du rapport final peut être retardée et le statut de la demande, transmis dans un rapport préliminaire.  Le rapport final est envoyé lorsque tous les résultats ont été obtenus.

1. Clinical and Laboratory Standards Institute.  2018. Interpretive Criteria for Identification of bacteria and Fungi by DNA Target Sequencing; Approved Guideline MM18-Ed2. Volume 38, Number 15. Wayne, PA.
2. Fry, N. K., S. Warwick, N. A. Saunders, and T.M. Embley. 1991. The use of 16S ribosomal RNA analyses to investigate the phylogeny of the family Legionellaceae. J. Gen. Microbiol. 137:1215-1222.
3. Khamis, A, Raoult, D, La Scola, B. 2004. rpoB Gene Sequencing for Identification of Corynebacterium Species. JCM 42: 3925-3931
4. Kolbert CP, Rys PN, Hopkins M, Lynch DT, Germer JJ, O’Sullivan CE, et al. 16S ribosomal DNA sequence analysis for identification of bacteria in a clinical microbiology laboratory.  In: Persing DH, Tenover FD, Versalovic J, Tang Y-W, Unger ER, Relman DA, White TJ, eds. Molecular microbiology: diagnostic principles and practice. Washington, DC: ASM Press 2004. p 361–77.
5. Ratcliff RM, Lanser JA, Manning PA, Heuzenroeder MW.  1998.  Sequence-based classification scheme for the genus Legionella targeting the mip gene.  J Clin Microbiol. 36(6):1560-7.
6. Spilker T, Vandamme P, Lipuma JJ. Identification and distribution of Achromobacter species in cystic fibrosis. J Cyst Fibros. 2013 May;12(3):298-301. doi: 10.1016/j.jcf.2012.10.002. Epub 2012 Nov 7. PMID: 23141756.