Le séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S et le séquençage ciblant un gène secondaire dans des cultures pures

<<Retourner au laboratoire

*Accrédité par le Conseil canadien des normes au laboratoire numéro 594 - CAN-P-4E (ISO/IEC 17025)

Formulaires de demande

Détails de la référence

Description:

PCR du gène codant pour l’ARNr 16S*, séquençage et analyse phylogénétique. Le séquençage ciblant un gène secondaire et l’analyse phylogénétique sont utilisés de façon complémentaire au séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S. Le choix du gène secondaire à cibler dépend des résultats du séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S.

Catégorie d'analyse:
Séquençage
Agent pathogène:
Pathogènes bactériens
Infections et maladies:
  • Varié
Spécimen:

Cultures pures d’isolats associés à une maladie clinique ou d’isolats provenant de l’environnement.

Méthode de prélèvement:

Les géloses en pente ou boîtes de gélose de tout milieu convenable et les écouvillons dans un milieu de transport sont tous acceptés. Les échantillons envoyés à des fins d’isolement ou d’identification de bactéries anaérobies strictes doivent être exempts d’oxygène. Utiliser un milieu de transport préréduit stérilisé de façon anaérobie (PRAS), un milieu de transport Cary-Blair ou un bouillon à la viande cuite PRAS.

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Conserver et expédier les échantillons à la température ambiante.

Transport des marchandises dangereuses:

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Pour obtenir des renseignements supplémentaires dans d’autres langues sur le transport de matières infectieuses, cliquez sur le lien ci-dessous.

http://www.who.int/ihr/capacity-strengthening/infectious-substances/fr/

Critères relatifs aux patients:

Maladie clinique avec symptômes évoquant une infection bactérienne.

Documents d'accompagnement:

Requête d’analyse de bactériologie spéciale dûment remplie, comprenant les renseignements sur le patient et l’information clinique pertinente. Si possible, joindre les résultats des tests de laboratoire effectués par le laboratoire local et/ou provincial.

Commentaires:

Les antécédents du patient et l’historique de la souche doivent être fournis. Les bactéries entériques, les mycobactéries, les agents nosocomiaux courants (SARM, ERV), les bactéries du genre Neisseria, les eucaryotes et les bactéries appartenant au groupe de risque 3 ne sont PAS acceptés par l’unité de bactériologie spéciale. Veuillez noter que les échantillons multiples provenant de la même source et du même patient, identifiés par l’expéditeur comme étant le même organisme, nécessiteront une explication pour que les analyses de tous les échantillons soient réalisées. Il appartient au laboratoire pour les cas spéciaux de bactériologie d’accepter ou de rejeter les échantillons supplémentaires. Veuillez communiquer avec le laboratoire pour de plus amples renseignements. Consulter le Guide des services pour connaître les services d’analyse offerts par le LNM.   *L’analyse de l’ARNr 16S par PCR est conforme à la norme CAN-P-4E (ISO/IEC 17025:2005).

Méthodes et interprétation des résultats:

Les résultats du séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S et du séquençage ciblant un gène secondaire (s’il y a lieu) sont comparés à ceux des bases de données publiques (GenBank) et aux souches types connues.

Délai d'exécution:

Délai de 15 jours civils pour produire le rapport final de séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S et/ou du gène secondaire. La production du rapport peut être retardée si le personnel ou les ressources sont limités ou s’il s’agit de microorganismes à croissance lente ou faible.  Dans les cas où d’autres analyses sont nécessaires, la production du rapport final peut être retardée et le statut de la demande, transmis dans un rapport préliminaire.  Le rapport final est envoyé lorsque tous les résultats ont été obtenus.

Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-2137
Télécopieur: (204) 784-7509
Références:
  1. Conville PS, Zelazny AM, Witebsky FG. 2006. Analysis of secA1 gene sequences for identification of Nocardia species. J Clin Microbiol. 44(8):2760-6
  2. Fry, N. K., S. Warwick, N. A. Saunders, and T.M. Embley. 1991. The use of 16S ribosomal RNA analyses to investigate the phylogeny of the family Legionellaceae. J. Gen. Microbiol. 137:1215-1222.
  3. Khamis, A, Raoult, D, La Scola, B. 2004. rpoB Gene Sequencing for Identification of Corynebacterium Species. JCM 42: 3925-3931
  4. Kolbert CP, Rys PN, Hopkins M, Lynch DT, Germer JJ, O’Sullivan CE, et al. 16S ribosomal DNA sequence analysis for identification of bacteria in a clinical microbiology laboratory.  In: Persing DH, Tenover FD, Versalovic J, Tang Y-W, Unger ER, Relman DA, White TJ, eds. Molecular microbiology: diagnostic principles and practice. Washington, DC: ASM Press 2004. p 361–77.
  5. Ratcliff RM, Lanser JA, Manning PA, Heuzenroeder MW.  1998.  Sequence-based classification scheme for the genus Legionella targeting the mip gene.  J Clin Microbiol. 36(6):1560-7.
  6. Yamamoto, S, PJM Bouvet, and S Harayama.  1999.  Phylogenetic structures of the genus Acinetobacter based on gyrB sequences: comparison with the grouping by DNA-DNA hybridization.  International Journal of Systematic Bacteriology.  49: 87-95.
Fiches d'information:
Lignes directrices:
Renseignements connexes: