Génotypage (différenciation entre la souche sauvage et la souche vaccinale)

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Accrédité par le Conseil canadien des normes au laboratoire numéro 594 (ISO/IEC 17025)

Formulaires de demande

Détails de la référence

Description:

Génotypage du virus de la varicelle et du zona pour différencier la souche sauvage de la souche vaccinale.

Catégorie d'analyse:
Génotypage
Agent pathogène:
Virus de la varicelle et du zona (VVZ)
Infections et maladies:
  • Varicelle
Spécimen:

Prélèvement de la lésion sur écouvillon 1 mL(minimum de 0,5 mL), liquide vésiculaire 1 mL (minimum de 0,5 mL), LCR 1 mL (minimum de 0,5 mL), sang total 1 mL (minimum de 0,5 mL), ou plasma 1 mL (minimum de 0,5 mL).   Des cultures virales 1 mL (minimum de 0,5 mL) peuvent aussi être expédiées. Le volume minimal ne permet pas la répétition des analyses d’échantillons ayant donné un résultat indéterminé.  Les épreuves PCR doivent avoir confirmé que les échantillons sont positifs à la recherche du VVZ pour que ces derniers puissent être envoyés.

Méthode de prélèvement:

Pour les écouvillons de lésions, placer les écouvillons dans 2-3 mL de milieu de transport viral (MTV) pendant au moins 1 heure, puis retirer l’écouvillon. Pour le liquide vésiculaire, aspirer le liquide d’un vésicule frais et intact, et mélanger avec au moins 200 ?L de MTV. Pour le plasma, prélever le sang dans un tube séparateur de plasma (PPT) ou un tube contenant de l’EDTA K2 (plastique; à bouchon lavande ou rose). Ne pas utiliser d’héparine comme anticoagulant. Centrifuger le tube à la température ambiante à une FCR de 1 100 pendant 10 15 minutes. Décanter le plasma dans un tube distinct. Prélever le LCR dans un tube sec soumis aux conditions habituelles de ponction lombaire. Pour les cultures virales, prélever des cellules infectées et du milieu.

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Ne pas congeler le sang total; le conserver et expedier refrigéré au LNM dans les 48 h suivant le prélèvement. Le plasma, LCR, prélèvement de la lésion sur écouvillon, et le liquide vesiculaire peuvent être conservés et expédiés refrigérés au LNM dans les 48 h suivant le prélèvement, sinon, ils doivent être conservés et expédiés congelés. Les isolats viraux doivent être congelées en tout temps et expédiées sur de la glace sèche.

Transport des marchandises dangereuses:

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Pour obtenir des renseignements supplémentaires dans d’autres langues sur le transport de matières infectieuses, cliquez sur le lien ci-dessous.

http://www.who.int/ihr/capacity-strengthening/infectious-substances/fr/

 

Critères relatifs aux patients:

Immunisation par un vaccin atténué contre le VVZ au cours du dernier mois ou lorsqu’une réactivation de la souche virale est soupçonnée.

Documents d'accompagnement:

La requête d’analyse pour « ITS virales, polyome et herpèsvirus » comprend, pour l’expéditeur, le nom, l’adresse et le numéro de téléphone et, pour le patient, le nom-code, la date de naissance, le sexe, le no de référence de l’échantillon, le type d’échantillon, la date de prélèvement, le test requis et toute autre information clinique pertinente. Inclure la date de la vaccination contre le VVZ et la date d'apparition de l'éruption cutanée.

Commentaires:

Cet essai sert uniquement à différencier les souches de VVZ et n’a pas été validé pour la détection du VVZ.

Méthodes et interprétation des résultats:

Différenciation des souches à partir de l’ADN extrait des échantillons, par PCR en temps réel (1). Les amorces spécifiques et sondes d’ADN différencient la souche vaccinale Oka du VVZ de la souche sauvage du VVZ basé sur la présence ou l’absence de sites de restriction à l’intérieur des cadres de lecture ouverts ORF38 et ORF62. Un résultat positif de PCR en temps réel confirme l’infection au VVZ. Une analyse de la courbe de dénaturation sert à déterminer s’il s’agit d’une souche sauvage ou vaccinale de VVZ.  Les résultats non concluants peuvent être confirmés par séquençage direct.

Délai d'exécution:

7 jours civils. Des échantillons STAT peuvent être envoyés dans certaines circonstances. Veuillez communiquer avec le laboratoire pour vous renseigner sur les délais d’exécution plus courts.

Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-6024
Télécopieur: (204) 318-2222
Références:
  1. Tipples GA, D Safronetz, M Gray. A real-time PCR assay for the detection of varicella-zoster virus DNA and differentiation of vaccine, wild-type and control strains. J Virol Methods 2003; 113: 113-116.
Renseignements connexes: