Détection moléculaire et génotypage
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Détails de la référence
Détection moléculaire et génotypage du Norovirus par PCR.
- Gastro-entérite
- Selles - ≥ 1,0 g (solides) or ≥ 0,5 mL (liquides). Échantillon privilégié, car le virus y est présent plus longtemps que dans les autres types d’échantillons.
- Échantillon rectal - Non recommandé, car la petite quantité de selles obtenue est insuffisante pour l’analyse.
- Vomissements - Les vomissements peuvent être prélevés en plus des selles.
- Selles - Prélever dans les 48 à 72 heures suivant le début de la maladie, pendant que les selles sont toujours liquides ou semi-solides, car la
quantité de virus est plus grande à ce moment. Déposer les selles dans un contenant stérile étanche, pas de milieu spécial requis. Pour les enquêtes sur une éclosion, prélever des échantillons de selles chez au moins deux, mais pas plus de six, personnes malades
associées à l’éclosion. - Vomissments - Prélever comme les échantillons de selles.
Congeler les échantillons à ≤-20°C jusqu’à leur envoi pour analyse. Expédier les échantillons congelés sur glace sèche.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Infection par le Norovirus présumée.
Remplir le formulaire de requête pour les entérovirus et les virus entériques. Si possible, fournir des renseignements cliniques, des renseignements sur l’éclosion, p. ex. le numéro d’éclosion du laboratoire, l’endroit où a lieu l’éclosion (p. ex. centre de soins de longue durée), le mode de transmission (p. ex. de personne à personne), la source suspectée et tout résultat d’analyse de laboratoire effectuée au laboratoire local ou provincial.
Les laboratoires qui effectuent leur proche recherche de norovirus par PCR devraient fournir des échantillons positifs pour la surveillance par génotypage.
La surveillance en laboratoire des norovirus s’effectue à l’aide de plusieurs méthodes :
- RT-PCR en temps réel pour la détection et le génogroupage initial des norovirus : Des épreuves de PCR en temps réel ayant un large spectre de réactivité avec des génogroupes précis (GI et GII) et qui ciblent la région conservée à la jonction ORF1-ORF2 du génome sont utilisées pour détecter les norovirus et déterminer leur génogroupe. Les résultats sont déclarés comme étant positifs ou négatifs pour les génogroupes GI et GII des NoV.
- RT-PCR et séquençage de régions partielles du gène VP1 des NoV : Les séquences générées à partir des régions partielles du gène VP1 (régions C, D et P2) sont utilisées pour grouper les souches en génotypes et sous-types. Le génotype des NoV est déclaré.
21 jours civils. Les analyses peuvent être effectuées en urgence sur demande.
Personnes-ressources additionnelles
- A., Trujillo, K. McCaustland, D. Zheng,L. Hadley, G. Vaughn,S. Adams,T. Ando, R. Glass, and S. Monroe. Use of TaqMan real-time reverse transcriptase-PCR for rapid detection, quantification, and typing of noroviruses. 2006 J. Clin. Microbiol. 44:1405-12
- S. Kojima, T. Kageyama, S. Fukushi, F.B. Hoshino, M. Shinohara, K. Uchida, K. Natori, N. Takeda, and K. Katayama, K. Genogroup-specific PCR primers for detection of Norwalk-like firuses. 2002 J. Virol. Methods 100:107-14
- J. Vinje, R.A. Hamidjaja, and M.D. Sobsey, Development and application of a capsid VP1 (region D) based reverse transcription PCR assay for genotyping of genogroup I and II noroviruses. 2004 J. Virol. Methods 116:109-17.
- D.P. Zheng, T. Ando, R.L. Fankhauser, R.S. Beard, R.I. Glass, and S.S. Monroe. Norovirus classification and proposed strain nomenclature. 2006 Virology 346:312-23.
- A. Kroneman A, H. Vennema, K. Deforche, H.v.d. Avoort, S. Peñaranda, M.S, Oberste, J. Vinjé, M. Koopmans. An automated genotyping tool for enteroviruses and noroviruses. 2011 J Clin Virol. Jun; 51(2):121-5).