Détection et caractérisation moléculaire

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Accrédité par le Conseil canadien des normes au laboratoire numéro 594 - CAN-P-4E (ISO/IEC 17025)

Formulaires de demande

Détails de la référence

Description:

Isolement et caractérisation moléculaire des virus par RT-PCR en temps réel et RT-PCR et séquençage.

Catégorie d'analyse:
Isolement et génotypage
Agent pathogène:
Virus de la polio sérotypes 1 à 3
Infections et maladies:
  • Paralysie flasque aiguë
  • Poliomyélite avec manifestations cliniques allant d’une maladie bénigne non spécifique caractérisée par de la fièvre, un mal de gorge ou des symptômes gastro intestinaux jusqu’à une méningite aseptique
Spécimen:
  • Selles – Type d’échantillon requis pour la détection du poliovirus, car il est celui dans lequel le poliovirus est le plus susceptible d’être isolé. Pour accroître la probabilité d’isolement du poliovirus, prélevez au moins deux échantillons de selles à 24 heures d’intervalle chez les patients soupçonnés d’être atteints de poliomyélite. Ces échantillons devraient être prélevés idéalement dans les 14 jours suivant l’apparition des symptômes.
  • Sérum – Non recommandé, car la probabilité d’obtenir un poliovirus en culture avec ce type d’échantillon est faible.
  • LCR – Non recommandé, car ce type d’échantillon permet rarement de détecter un poliovirus.
  • Écouvillonnage nasopharyngé ou oropharyngé – Non recommandé, car la probabilité d’obtenir un poliovirus en culture avec ces types d’échantillons est plus faible qu’avec les selles. Cependant, ils peuvent être utiles pour éliminer les causes de paralysie flasque aiguë (PFA) non liées à la poliomyélite.

Remarque : Si du LCR, du sérum ou des échantillons respiratoires sont expédiés à des fins de détection du poliovirus, ils ne subiront pas d’épreuve d’isolement du poliovirus; ils feront plutôt l’objet de méthodes moléculaires de détection et de typage des entérovirus et des paréchovirus humains. 

Méthode de prélèvement:
  • Selles - Prélever dans les 14 jours suivant le début de la maladie et déposer dans un contenant stérile étanche, pas de milieu spécial requis. Les taux d’isolement augmentent lorsqu’on reçoit deux échantillons prélevés à 24 heures d’intervalle.
Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Entreposez les échantillons aussitôt que possible après le prélèvement à une température ≤ -20 °C jusqu’au moment de leur expédition à des fins d’analyse.  Expédier les échantillons congelés sur glace sèche. Emballer les échantillons de Poliovirus présumé dans un contenant d’expédition séparé des autres échantillons envoyés au LNM.

Transport des marchandises dangereuses:

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Pour obtenir des renseignements supplémentaires dans d’autres langues sur le transport de matières infectieuses, cliquez sur le lien ci-dessous.

http://www.who.int/ihr/capacity-strengthening/infectious-substances/fr/

Critères relatifs aux patients:

Cas de paralysie flasque aiguë chez les enfants de moins de 15 ans et cas suspects de poliomyélite chez les patients de tout âge.

Documents d'accompagnement:

Remplir le formulaire de requête pour les entérovirus et les virus entériques. Si possible, inclure toute observation clinique pertinente, les antécédents de voyage et de vaccination et tout résultat pertinent d’analyses de laboratoire effectuées au laboratoire local ou provincial.

Commentaires:

S/O

Méthodes et interprétation des résultats:

La surveillance en laboratoire des poliovirus sauvages et des poliovirus génétiquement divergents dérivés d’une souche vaccinale (PVDV) s’effectue à l’aide de plusieurs méthodes reconnues par l’OMS :

  1.  Isolement du virus en culture cellulaire : Conformément à l’algorithme d’isolement de l’OMS, les échantillons de selles traités des cas suspects de poliomyélite ou de paralysie flasque aiguë sont inoculés dans deux lignées cellulaires, L20B et RD. Les isolats positifs de L20B, qui peuvent être le virus de la poliomyélite, font ensuite l’objet d’un typage par différenciation intratypique (DIT) et par PCR en temps réel pour le PVDV de la façon décrite ci-dessous.
  2. Typage des isolats de poliovirus et différenciation intratypique pour distinguer les poliovirus de type Sabin des poliovirus sauvages : Des réactifs moléculaires spécifiques des groupes et sérotypes de poliovirus et des souches vaccinales et qui ciblent des propriétés caractéristiques des poliovirus dans la région de la capside (VP1) sont utilisés dans une série d’épreuves de RT-PCR en temps réel pour déterminer le sérotype et pour distinguer les poliovirus de type Sabin des poliovirus sauvages (différenciation intratypique). Lorsqu’un virus de type Sabin est identifié par DIT, l’échantillon fait l’objet d’une PCR en temps réel pour les PVDV; si le résultat de la DIT ne correspond pas à un PV de type Sabin, l’échantillon est acheminé en vue d’une RT-PCR et d’un séquençage de la région VP1 afin de confirmer l’identité du virus.
  3. Analyse des poliovirus de type Sabin à la recherche de poliovirus dérivés d’une souche vaccinale (PVDV) : Une technique de RT-PCR en temps réel ciblant les zones particulièrement favorables aux échanges génétiques (« hot spots ») de la région de la capside habituellement révertantes chez les PVDV est utilisée pour identifier les possibles PVDV une fois que des virus de type Sabin ont été détectés par les méthodes de DIT décrites ci-dessus. Lorsqu’un PVDV de type Sabin est identifié dans un échantillon, le rapport de laboratoire l’indique; lorsqu’un PVDV de type non-Sabin est identifié, l’échantillon est acheminé en vue d’une RT-PCR et d’un séquençage de la région VP1 afin de confirmer l’identité du virus.
  4. Séquençage de la région VP1 des isolats de type non-Sabin et des isolats possibles de PVDV : Une série d’amorces dégénérées sont utilisées pour le séquençage de la région VP1 des isolats de poliovirus de type non-Sabin identifiés à l’aide des méthodes de DIT ou de PCR en temps réel pour les PVDV décrites ci-dessus. Les données de séquençage de la région VP1 servent à confirmer la présence d’une souche de type sauvage, de type Sabin ou de PVDV.  Au besoin, d’autres tests peuvent être effectués par les CDC d’Atlanta, en Georgie.
Délai d'exécution:

Le délai d’exécution total est de 28 jours civils. Chaque élément de l’algorithme d’essai a son propre délai d’exécution :

  • Le délai pour l’isolement des poliovirus est de 14 jours civils à partir de la date où les échantillons de selles sont reçus au laboratoire.
  • Le délai pour la DIT des poliovirus et la RT-PCR en temps réel pour les PVDV est de 7 jours civils à partir de la date de fin de l’isolement.
  • Le délai pour le séquençage de la région VP1 des poliovirus est de 7 jours civils à partir de la date où les résultats de la RT-PCR en temps réel sont connus.
Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-2022
Télécopieur: (204) 789-2082
Personnes-ressources additionnelles
Elsie Grudeski
Téléphone: 204-789-6067
Télécopieur: 204-789-2082
Références:
  1. World Health Organization. Polio Laboratory Manual. WHO/IVD/04.10,2004.
  2. S1. Supplement to the WHO Polio Laboratory manual-an Alternative Test Algorithm for Poliovirus Isolation and Detection.
  3. Kilpatick DR, Iber JC, Chen Q, Ching K, Yang S, De L, Mandelbaum MD, Emery B, Campagnoli R, Burns CC, Kew O. Poliovirus serotype-specific VP1 sequencing primers. J of Virol. Methods 174(2011) 128-130
Fiches d'information:
Renseignements connexes: