Détection moléculaire par PCR et séquençage

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Détails de la référence

Description:

Détection moléculaire des espèces du genre Borrelia causant des fièvres récurrentes, y compris, sans s’y limiter, B. hermsii et B. miyamotoi, dans des échantillons cliniques.

Catégorie d'analyse:
Détection moléculaire et Génotypage
Agent pathogène:
Borrelia à fièvre récurrente
Infections et maladies:
  • Fièvre récurrente
Spécimen:

Sang total. 

Le sérum est un type d’échantillon à faible rendement pour la détection de ces micro organismes; il sera rejeté. 

Méthode de prélèvement:

Recueillir le sang dans des tubes avec EDTA. Ne pas centrifuger. Le volume minimum requis est de 5 mL.

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Garder au réfrigérateur le sang entier durant une période pouvant aller jusqu’à 5 jours. Expédier avec des blocs réfrigérants.

Transport des marchandises dangereuses:

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Pour obtenir des renseignements supplémentaires dans d’autres langues sur le transport de matières infectieuses, cliquez sur le lien ci-dessous.

http://www.who.int/ihr/capacity-strengthening/infectious-substances/fr/

Critères relatifs aux patients:

Symptômes cliniques appropriés apparus à la suite d’une exposition possible à des tiques ou à des poux durant un séjour dans une zone endémique.

Manifestations cliniques : poussées de fièvre, maux de tête, raideur de la nuque, arthralgie, myalgie, ecchymoses, épistaxis et pétéchies. Certaines personnes présentent des symptômes semblables à ceux de la maladie de Lyme, à savoir de la fièvre, des maux de tête, de la fatigue, des frissons, de la myalgie, des douleurs articulaires et musculaires, une perte d’appétit, des nausées, une désorientation, une perte de mémoire et de coordination, ainsi que des manifestations neurologiques sévères (maux de tête, douleurs musculaires et articulaires, nausées).

Il existe deux types de fièvre récurrente : fièvre récurrente à tiques et fièvre récurrente à poux.

La fièvre récurrente à tiques est transmise par plusieurs espèces de tiques, chacune ayant un habitat de prédilection et une gamme d’hôtes qui lui est propre. Les tiques dures (ixodidés) sont des vecteurs de B. miyamotoi, qui cause la fièvre récurrente à tiques en Amérique du Nord, en Europe de l’Est, en Russie et au Japon. La fièvre récurrente à tiques peut aussi être causée par d’autres espèces du genre Borrelia, telles que B. hermsii, qui sont transmises par des tiques molles (ornithodores). Ces tiques sont présentes dans l’ouest et le sud-ouest des États-Unis ainsi que dans des régions distinctes un peu partout dans le monde, notamment les plateaux du Mexique, de l’Amérique centrale et de l’Amérique du Sud, le bassin méditerranéen, l’Asie centrale et la majorité de l’Afrique.

La fièvre récurrente à poux est causée par B. recurrentis, qui est transmise par le pou de l’homme. Cette affection survient généralement dans les camps de réfugiés, en raison du surpeuplement et de l’absence d’installations de lavage. Elle est endémique dans le nord-est de l’Afrique.

Documents d'accompagnement:

Requête pour l’analyse moléculaire de certains agents de zoonoses dûment complétée.  Si possible, fournir les antécédents cliniques et les résultats d’analyses effectuées par le laboratoire provincial ou local. 

Commentaires:

Les échantillons peuvent être rejetés s’ils ne sont pas du type approprié, si leur volume est insuffisant ou s’ils ne sont pas accompagnés des renseignements pertinents sur le patient.

CE TEST EST EFFECTUÉ UNIQUEMENT À DES FINS D’ENQUÊTE OU DE RECHERCHE

Méthodes et interprétation des résultats:

L’ADN extrait fait l’objet d’une analyse par PCR en temps réel visant à détecter les espèces du genre Borrelia. Les échantillons positifs à l’essai de détection sont ensuite soumis à une PCR en temps réel ciblant les espèces du genre Borrelia causant des fièvres récurrentes, ainsi qu’à des analyses classiques par PCR et par séquençage visant à confirmer l’espèce.                                              

La mise en route d’une antibiothérapie avant l’analyse peut réduire l’expression du génome bactérien et ainsi affecter les résultats de l’analyse par PCR.

Délai d'exécution:

21 jours civils.

Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-7434 or (204) 789-6070
Télécopieur: (204) 789-2082
Références:
  1. Courtney, J.W., Kostelnik, L.M., Zeidner, N.S., Massung, R.F. 2004. Multiplex real-time PCR for detection of Anaplasma phagocytophilum and Borrelia burgdorferi.J. Clin. Micro. 42(7):3164-3168.
  2. Scott, J.C., Wright, D.J., and Cutler, S.J. 2005. Typing African Relapsing Fever Spirochetes. Emerging Infectious Diseases, 11(11), 1722–1729. http://doi.org/10.3201/eid1111.050483et al., 2005. Typing African Relapsing Fever Spirochetes. Emerg. Inf. Dis. 11(11):1722-1729.
  3. Bunikis J., Tsao J., Garpmo U., Berglund J., et al., 2004. Typing of Borrelia relapsing fever group strains. Emerg. Inf. Dis. 10:1661–1664.
  4. Elbir, H., Henry, M., Diatta, G., Mediannikov, O., et al. 2013. Multiplex Real-Time PCR Diagnostic of Relapsing Fevers in Africa. PLoS Neg. Trop. Dis. 7(1), e2042.
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