Détection par PCR de mutations associées à une résistance antimicrobienne
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Détection par PCR de mutations associées à une résistance antimicrobienne dans Mycoplasma genitalium.
- Urétrite non gonococcique (UNG)
Écouvillonnages urétral/génito-urinaire, vaginal ou rectal, urine, restant de tube Aptima, ESwab, ou extraits d’ADN. D’autres types d’échantillons peuvent être acceptés si les analyses sont dûment justifiées ou si elles ont été préapprouvées par l’Unité des streptocoques et des ITS.
Les échantillons qui ne constituent pas le bon type d’échantillon, dont le volume est insuffisant, ou qui ne sont pas accompagnés des renseignements pertinents sur le patient peuvent être rejetés.
Écouvillon stérile ou écouvillon Dacron avec embout en polyester ou écouvillon floqué en nylon.
Placer les écouvillons dans au moins 1 ml de milieu de transport approprié (p. ex. milieu de transport universel). Réfrigérer ou congeler les échantillons jusqu’au moment de leur envoi pour analyse. Expédier les échantillons congelés sur de la glace sèche et les échantillons réfrigérés sur des blocs réfrigérants.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Infectés par Mycoplasma genitalium.
Formulaire de requête d’analyse de l’Unité des streptocoques et des ITS – Indiquer clairement l’analyse du microorganisme qui doit être effectuée sur le formulaire de requête. Joindre à la requête tous les renseignements pertinents sur le contexte clinique et les analyses effectuées.
Les échantillons en double ne devraient pas être soumis sans consentement préalable. Ils pourraient ne pas être traités. Les isolats prélevés chez un même patient à trois semaines d’intervalle sont considérés comme des échantillons en double.
À l’aide d’une trousse disponible commercialement, on extrait d’abord l’ADN de tous les échantillons de mycoplasmes génito-urinaires reçus au LNM pour analyse par PCR. Les résultats sont fondés sur des essais par PCR permettant de détecter des mutations au niveau de l’ARN ribosomique 23S (associée à la résistance à l’azithromycine) et des gènes parC et gyrA (associés à la résistance à la moxifloxacine). La présence de ces mutations spécifiques prédit une
résistance à l’antimicrobien associé. L'échantillon est également testé pour la RNase-P pour s'assurer que l'extraction d'ADN a réussi.
Un résultat négatif à l’épreuve de PCR indique l’absence d’ADN bactérien détectable dans l’échantillon, mais ne permet pas d’écarter l’infection, car des résultats faussement négatifs peuvent être causés par : l’inhibition des réactions de PCR, la variabilité des séquences auxquelles sont fixées les amorces et les sondes ciblées, et la présence d’ADN bactérien à des quantités inférieures à la limite de détection de l’essai.
Comme c’est le cas pour tous les tests de laboratoire, les résultats d’analyse devraient être interprétés en tenant compte de l’ensemble des données cliniques et des données de laboratoire existantes.
14 jours civils. Les échantillons urgents ou associés à une éclosion seront considérés comme prioritaires et traités le plus tôt possible.
- Jensen JS. Protocol for the detection of Mycoplasma genitalium by PCR from clinical specimens and subsequent detection of macrolide resistance-mediating mutations in region V of the 23S rRNA gene. Methods in Molecular Biology. 2012; 903:129-139.
- Shimada Y, Deguchi T, Nakane K, Masue T, et al. Emergence of clinical strains of Mycoplasma genitalium harbouring alterations in ParC associated with fluorouinolone resistance. 2010. Int J Antimicrob Agents. Sep;36(3):255-8.