Typage moléculaire de Neisseria gonorrhoeae par séquençage de plusieurs antigènes (NG-MAST) à partir d’échantillons positifs pour la gonorrhée soumis à un test d’amplification des acides nucléiques (TAAN).
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Détails de la référence
Détermination moléculaire par PCR des mutations associées à la résistance aux antimicrobiens et prédiction de la résistance aux céphalosporines, à la ciprofloxacine et à l’azithromycine.
- Gonorrhée
Échantillons positifs pour la gonorrhée dans une solution tampon APTIMA ou Roche Cobas, notamment des échantillons d’urine, des écouvillons urétraux/urogénitaux, des écouvillons vaginaux, des écouvillons rectaux ou de l’ADN extrait. Les échantillons d’urine sans conservateur et les écouvillons pharyngés ne sont pas recommandés. D’autres types d’échantillons peuvent être analysés si la justification est appropriée ou si l’on a obtenu l’autorisation de l’Unité des streptocoques et des ITS. Le volume minimum nécessaire est de 1 ml. Soumettre un seul TAAN pour GC par cas sauf s’il lié à une enquête sur l’échec du traitement.
Les échantillons qui ne constituent pas le bon type d’échantillon, dont le volume est insuffisant, ou qui ne sont pas accompagnés des renseignements pertinents sur le patient peuvent être rejetés.
S/O
Réfrigérer ou congeler les échantillons jusqu’au moment de leur envoi pour analyse. Expédier les échantillons congelés sur de la glace sèche et les échantillons réfrigérés sur des blocs réfrigérants.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Infection par N. gonorrhoeae.
Formulaire de demande LNM GC TAAN rempli, avec le nom, l’adresse, le numéro de téléphone et l’adresse électronique du laboratoire expéditeur. Tous les renseignements sur les patients doivent être fournis, y compris l’identifiant (numéro de référence de l’échantillon), la date de naissance et le sexe du patient, la plate-forme d’analyse, la date de prélèvement, le site d’isolement et l’analyse demandée. S’il s’agit d’échantillons urgents, il faut le mentionner dans la demande et aviser le laboratoire avant qu’il ne les reçoive.
S/O
L’ADN de tous les échantillons de gonorrhée reçus par le LNM pour une PCR est d’abord extrait à l’aide d’une trousse commerciale. L’analyse par qPCR ciblant les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) est utilisée pour prédire la résistance aux antimicrobiens (RAM) suivants : céphalosporines (ponA, mtrR delA, porB, penA A311V, penA A501, penA N513Y, penA G545S), ciprofloxacine (gyrA S91 et parC), azithromycine (23S 2059, 23S 2611 et mtrR AZR) (1). On cherche également la présence de porA dans les échantillons, afin de confirmer l’identification de N. gonorrhoeae et de confirmer que l’extraction de l’ADN a réussi. Les résultats sont utilisés uniquement à des fins de surveillance.
S/O
- Peterson SW, Martin I, Demczuk W, Barairo N, Naidu P, Lefebvre B, Allen V, Hoang L, Hatchette TF, Alexander D, Tomas K, Trubnikov M, Wong T, Mulvey MR. Multiplex real-time PCR assays for the prediction of cephalosporin, ciprofloxacin and azithromycin antimicrobial susceptibility of positive Neisseria gonorrhoeae nucleic acid amplification test samples. J Antimicro Chemo. 2020; 75: 3485-3490.