Détection moléculaire et sérotypage par PCR
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Détails de la référence
Détection moléculaire et sérotypage de Streptococcus pneumoniae par PCR.
- Bactériémie
- Méningite à pneumocoques
Écouvillons, expectorations, aspirats rhinopharyngés, urine et LCR.
Les échantillons qui ne constituent pas le bon type d’échantillon, dont le volume est insuffisant, ou qui ne sont pas accompagnés des renseignements pertinents sur le patient peuvent être rejetés.
Sont requis pour les essais des échantillons liquides d’au moins 1 ml ou des écouvillons remis en suspension dans le milieu de transport approprié. Les échantillons sont de préférence fournis dans des tubes à bouchon vissé faits de plastique résistant aux cycles gel-dégel et aux chocs. Les écouvillons secs ne sont pas acceptés pour l’analyse; les écouvillons doivent toujours être envoyés dans le milieu de conservation approprié et être entreposés à des températures d’expédition appropriées avant l’envoi.
Le laboratoire demandeur n’a aucun traitement supplémentaire à effectuer lorsque les échantillons sont prélevés conformément aux directives énoncées ci-dessus. Tous les échantillons doivent être conservés à une température de réfrigération (2 °C à 8 °C) ou congelés immédiatement après le prélèvement. Veiller à ce que les échantillons soient maintenus à la bonne température durant leur expédition au LNM (p. ex. les échantillons congelés doivent être expédiés sur de la glace sèche et les échantillons réfrigérés, sur des blocs réfrigérants).
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Maladie causée par Streptococcus pneumoniae.
Formulaire de demande d’analyse pour la détection moléculaire et sérotypage de Streptococcus pneumoniae par PCR. Les renseignements contenus dans la requête peuvent également être envoyés dans un fichier Excel à l’adresse nml.strepsti-lnm.strepits@phac-aspc.gc.ca, ainsi qu’une copie papier avec l’envoi.
Si le résultat d’une analyse effectuée par le laboratoire demandeur est positif, veuillez l’indiquer dans les documents d’accompagnement. Les échantillons en double ne devraient pas être soumis sans consentement préalable. Les échantillons en double pourraient ne pas être traités.
L’ADN de tous les échantillons de Streptococcus pneumoniae reçus au LNM à des fins de détection moléculaire et de sérotypage par PCR est d’abord extrait à l’aide d’une trousse disponible sur le marché. Le résultat de dépistage est déterminé en fonction de la présence des cibles lytA (Carvalho et al., 2007), piaA (Trzcinski et al., 2013) et SP2020 (Tavares et al., 2019). Le sérotypage est effectué à l’aide d’un protocole conçu par les CDC (Pimenta et al., 2013) qui cible 37 sérotypes, y compris les 13 sérotypes du vaccin PCV13. L’obtention d’un résultat portant la mention « non typable » signifie qu’aucun des 37 sérotypes ciblés par le test n’était présent.
14 jours civils. Les échantillons urgents seront considérés comme prioritaires et traités le plus tôt possible.
- Carvalho, M.dG.S., Tondella, M.L., McCaustland, K., Weidlich, L., McGee, L., Mayer, L.W., Steigerwalt, A., Whaley, M., Facklam, R.R., Fields, B., Carlone, G., Ades, E.W., Dagan, R., Sampson, J.S. Evaluation and Improvement of Real-Time PCR Assays Targeting lytA, ply, and psaA Gene for Detection of Pneumococcal DNA. Journal of Clinical Microbiology. 2007; 45(8): 2460-2466
- Trzcinski, K., Bogaert, D., Wyllie, A., Chu, M.L.J.N., van der Ende, A., Bruin, J.P.. Van den Dobbelsteen, G., Veenhoven, R.H., Sanders, E.A.M. Superiority of Trans-Oral over Trans-Nasal Sampling in Detecting Streptococcus pneumoniae Colonization in Adults. PLOSone. 2013; 8(3): e60520
- Tavares, D.A., Handem, S., Carvalho, R.J., Paulo, A.C., de Lencastre, H., Hinds, J., Sá- Leão, R. Identification of Streptococcus pneumonia by real-time PCR assay targeting SP2020. Scientific Reports. 2019; 9: 3285
- Pimenta, F.C., Roundtree, A., Soysal, A., Bakir, M., du Plessis, M., Wolter, N., von Gottberg, A., McGee, L., de Gloria Cavalho, M., Beall, B. Sequential Triplex Real-Time PCR Assay for Detecting 21 Pneumococcal Capsular Serotypes that Account for a High Global Disease Burden. Journal of Clinical Microbiology. 2013; 51(2): 647-652