Détection moléculaire par PCR et séquençage

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Détails de la référence

Description:

Détection moléculaire des espèces de Borrelia, y compris, mais sans s'y limiter,  B. burgdorferi sensu stricto, B. afzelii, B. garinii, B. mayonii and B. spielmanii dans des échantillons cliniques.

Catégorie d'analyse:
Détection moléculaire et Génotypage
Agent pathogène:
Borrelia burgdorferi sensu lato
Infections et maladies:
  • Maladie de Lyme
Spécimen:

Liquide synovial, ou liquide céphalorachidien (LCR) - volume minimal requis est 0,5 ml.  Tissue frais (biopsie cutanée) - entre 1 et 5 mg. 

Le sérum est un type d’échantillon à faible rendement pour la détection de ces micro organismes; il sera rejeté. 

Méthode de prélèvement:

LCR et liquide synovial : recueillir dans un contenant stérile sans additif.

Tissu frais ou inclus en paraffine : a) Laver le site de la biopsie avec un savon antiseptique. Rincer à fond la région avec de l’eau stérile. Ne pas utiliser d’alcool ni de préparation à base d’iode. Un anesthésique local peut être utilisé. b) Prélever une biopsie à l’emporte pièce comprenant l’épaisseur complète du derme. Placer les tissus dans une gaze imbibée de solution saline et mettre dans un contenant stérile renfermant 2 mL de solution saline.

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Congeler les échantillons de liquide synovial et de LCR jusqu’au moment de leur envoi pour analyse. Expédier les échantillons de liquide synovial et de LCR congelés sur glace sèche.  Conserver les tissus au réfrigérateur pendant au plus cinq jours. Les expédier avec des blocs réfrigérants.

Transport des marchandises dangereuses:

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Pour obtenir des renseignements supplémentaires dans d’autres langues sur le transport de matières infectieuses, cliquez sur le lien ci-dessous.

http://www.who.int/ihr/capacity-strengthening/infectious-substances/fr/

 

Critères relatifs aux patients:

Exposition potentielle aux tiques à pattes noires accompagnée de symptômes cliniques pertinents.  Les symptômes typiques comprennent de la fièvre, des maux de tête et de la fatigue; une éruption cutanée caractéristique peut aussi être présente. En l’absence de traitement, l’infection peut s’étendre aux articulations, au cœur et au système nerveux.

Documents d'accompagnement:

Requête pour l’analyse moléculaire de certains agents de zoonoses dûment complétée.  Si possible, fournir les antécédents cliniques et les résultats d’analyses effectuées par le laboratoire provincial ou local. 

Commentaires:

Les échantillons qui ne constituent pas le bon type d'échantillon, dont le volume est insuffisant, ou qui ne sont pas accompagnés des renseignements pertinents sur le patient peuvent être rejetés.

CE TEST EST EFFECTUÉ UNIQUEMENT À DES FINS D'ENQUÊTE OU DE RECHERCHE
 

Méthodes et interprétation des résultats:

L’ADN extrait fait l’objet d’une analyse par PCR en temps réel visant à détecter des espèces du genre Borrelia. Les échantillons positifs à la PCR en temps réel sont ensuite soumis à une analyse des courbes de fusion, à une analyse par PCR classique et à un séquençage aux fins d’identification et de confirmation de l’espèce.

Le résultat de l'épreuve PCR pourrait être affecté lorsqu'un traitement par antibiotique est initié avant l'analyse (génome réduit de la bactérie).

Délai d'exécution:

21 jours civils.

Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-7434 or (204) 789-7662
Télécopieur: (204) 789-2082
Références:
  1. Courtney, J.W., Kostelnik, L.M., Zeidner, N.S., Massung, R.F. 2004.  Multiplex real-time PCR for detection of Anaplasma phagocytophilum and Borrelia burgdorferi.  J. Clin. Micro. 42(7):3164-3168.
  2. Johnson, B.J.B., Happ, C.M., Mayer, L.W., Piesman, J.    1992.  Detection of Borrelia burgdorferi in ticks by species-specific amplification of the flagellin gene. Am. J. Trop. Med. Hyg., 47(6):730-741.
  3. Scott, J.C., Wright, D.J. M., and Cutler, S.J. 2005. Typing African Relapsing Fever Spirochetes. Emerg. Inf. Dis. 11(11):1722-1729.
  4. Pritt, B. S., Mead, P. S., Hoang Johnson, D. K., Neitzel, et. al. 2016. Identification of a novel pathogenic Borrelia species causing Lyme borreliosis with unusually high spirochaetaemia: a descriptive study. The Lancet. Infectious Diseases16(5), 556–564.
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