Détection des espèces Leptospira par PCR et séquençage
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Détails de la référence
Détection moléculaire d’espèces de Leptospira dans des échantillons cliniques.
- Leptospirose
Sang entier, urine ou liquide céphalorachidien (LCR). Les volumes minimaux requis sont les suivants :
- Sang entier – 5 mL
- Urine (fraîche) – 5 mL
- LCR – 0,5 mL
Recueillir le sang entier dans des tubes EDTA. Évitez l’héparine. Ne pas centrifuger. Prélever aseptiquement une urine ou du LCR dans un contenant étanche et stérile fait de plastique résistant aux cycles gel-dégel et aux chocs, sans agent de conservation.
Garder au réfrigérateur des spécimens durant une période pouvant aller jusqu’à 5 jours en attendant qu’il soit expédié avec des blocs réfrigérants pour analyse. Si le délai est supérieur à 5 jours, conserver à -20 °C et expédier sur de la glace sèche.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Les symptômes d’une infection à Leptospira spp. peuvent comprendre les suivants : fièvre, céphalées, frissons, malaise général, éruption cutanée, vomissements, diarrhée, myalgies, suffusion conjonctivale, ictère, insuffisance rénale et/ou défaillance hépatique, méningite et douleurs thoraciques. Contact avec un animal infecté (chiens, bétail, ratons laveurs, rongeurs, etc.) ou voyage récent dans une région ou l’infection à Leptospira spp. est endémique.
Requête pour l’analyse moléculaire de certains agents de zoonoses dûment complétée.
Les échantillons qui ne constituent pas le bon type d’échantillon, dont le volume est insuffisant, ou ne sont pas accompagnés des renseignements pertinents sur le patient ou des antécédents cliniques de ce dernier peuvent être rejetés.
Cette analyse est effectuée à des fins d’enquête.
L’ADN extrait est analysé au moyen d’un test de PCR en temps réel mis au point à l’interne qui détecte spécifiquement les espèces de Leptospira. Si le résultat de l’analyse par PCR en temps réel est positif, les échantillons sont soumis à des analyses de confirmation par PCR en temps réel ou par PCR classique. La mise en œuvre d’un traitement antibiotique avant le test peut entraîner une diminution de la quantité d’ADN génomique bactérien, ce qui aura une incidence sur le résultat du test de PCR.
21 jours civils.
- Levett, P.N. Leptospirosis (2001) Clin. Micro. Rev. (14): 296-326.
- Stoddard R. A., Gee J. E., Wilkins P. P., McCaustland K., et al.2009. Detection of pathogenic Leptospira spp. through TaqMan polymerase chain reaction targeting the LipL32 gene. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 64:247–255.