Détermination du type de gène emm pour Streptococcus pyogenes au moyen de la PCR
<<Retourner aux résultats de la recherche*Accrédité par le Conseil canadien des normes au laboratoire numéro 594 (ISO/IEC 17025)
Formulaires de demande
Détails de la référence
Détermination du type de gène emm pour Streptococcus pyogenes.
- Bactériémie
- Infection invasive à streptocoques du groupe A
- Infections de la peau et des tissus mous
- Fasciite nécrosante
- Syndrome du choc toxique
Culture pure d’une bactérie dont l’identification présomptive est S. pyogenes, isolée dans un site normalement stérile (sang, LCR, liquide pleural, liquide péricardique, liquide péritonéal, pièce de biopsie ou échantillon de tissu profond prélevé durant une intervention chirurgicale, os ou liquide articulaire) ou dans tout site (même non stérile) dans le cas du syndrome du choc toxique ou de la fasciite nécrosante. Exclure le liquide d’aspiration de l’oreille moyenne ou d’une plaie superficielle.
Les échantillons peuvent être rejetés s’ils ne sont pas du type approprié, s’il s’agit d’échantillons en double**, si leur volume est insuffisant, s’ils ne sont pas accompagnés des renseignements pertinents sur le patient ou du bon formulaire de requête, ou s’ils ne sont tout simplement pas accompagnés d’un formulaire de requête.
Isolat fourni sur un milieu de culture.
Envoyer sous forme de croissance sur milieu de culture ou sur un écouvillon dans un milieu de transport. La gélose chocolatée et le charbon sont les milieux recommandés. Les cultures peuvent également être expédiées congelées sur glace sèche.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Maladie invasive causée par Streptococcus pyogenes.
Formulaire de demande d’analyse pour Streptococcus, indiquant notamment le nom, l’adresse, le numéro de téléphone et l’adresse courriel du laboratoire expéditeur. Âge du patient ou date de naissance, sexe, numéro de référence de la culture, source clinique, date de prélèvement et analyse demandée. Si un échantillon est lié à une éclosion, ou encore doit faire l’objet d’une analyse accélérée ou d’une analyse phylogénétique, veuillez l’indiquer sur la requête. Veuillez faire parvenir les renseignements demandés ci-dessus sur copie papier, avec l’envoi; vous pouvez également envoyer un fichier Excel à l’adresse nml.strepsti-lnm.strepits@phac-aspc.gc.ca.
Il est possible de soumettre des isolats non invasifs de Streptococcus pyogenes liés à une enquête sur une éclosion.
**Les échantillons en double ne devraient pas être soumis sans consentement préalable, car il se pourrait qu’ils ne soient pas traités. Les isolats prélevés chez un même patient à trois semaines d’intervalle sont considérés comme des échantillons en double.
*typage emm par séquençage du génome entier (primaire) (3,4)
typage emm par réaction en chaîne par polymérase (secondaire) (1)
30 jours civils.
Les isolats urgents ou associés à une éclosion seront considérés comme prioritaires et traités le plus tôt possible.
***Les délais d’exécution peuvent ne pas être garantis lorsque les isolats sont soumis en grandes quantités.
- Beall, Bernard, Gherardi, G., Lovgren, M., Facklam R.R., Forwick B.A. and Tyrrell, G.J. emm and sof gene sequence variation in relation to serological typing of opacity-factor-positive group A streptococci. Microbiology 2000;146:1195-1209.
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- Kapatai G, Coelho J, Platt S, Chalker VJ. Whole genome sequencing of group A streptococcus: development and evaluation of an automated pipeline for emm gene typing. PeerJ. 2017;5:e3226.