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Détermination du type de gène emm pour Streptococcus pyogenes au moyen de la PCR

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*Accrédité par le Conseil canadien des normes au laboratoire numéro 594 (ISO/IEC 17025)

Formulaires de demande

Détails de la référence

Description:

Détermination du type de gène emm pour Streptococcus pyogenes.

Catégorie d'analyse:
Génotypage
Agent pathogène:
Streptococcus pyogenes
Infections et maladies:
  • Bactériémie
  • Infection invasive à streptocoques du groupe A
  • Infections de la peau et des tissus mous
  • Syndrome du choc toxique
  • Fasciite nécrosante
Spécimen:

Culture pure d’une bactérie dont l’identification présomptive est S. pyogenes, isolée dans un site normalement stérile (sang, LCR, liquide pleural, liquide péricardique, liquide péritonéal, pièce de biopsie ou échantillon de tissu profond prélevé durant une intervention chirurgicale, os ou liquide articulaire) ou dans tout site (même non stérile) dans le cas du syndrome du choc toxique ou de la fasciite nécrosante. Exclure le liquide d’aspiration de l’oreille moyenne ou d’une plaie superficielle.

Les échantillons qui ne constituent pas le bon type d’échantillon, dont le volume est insuffisant, ou qui ne sont pas accompagnés des renseignements pertinents sur le patient peuvent être rejetés.

Méthode de prélèvement:

Isolat fourni sur un milieu de culture.

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Envoyer sous forme de croissance sur milieu de culture ou sur un écouvillon dans un milieu de transport.  La gélose chocolatée et le charbon sont les milieux recommandés.  Les cultures peuvent également être expédiées congelées sur glace sèche. 

 

 

Transport des marchandises dangereuses:

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

 

Critères relatifs aux patients:

Maladie invasive causée par Streptococcus pyogenes.

Documents d'accompagnement:

Formulaire rempli pour l’envoi d’un isolat de streptocoque, notamment nom, adresse et numéro de téléphone du laboratoire expéditeur. Âge ou date de naissance du patient, sexe, numéro de référence de la culture, source clinique, date du prélèvement et analyse demandée. Les renseignements ci-dessus peuvent également être transmis dans un fichier Excel à l’adresse nml.strepsti-lnm.strepits@phac-aspc.gc.ca, ainsi qu’une copie papier avec l’envoi.

 

Commentaires:

Il est possible de soumettre des isolats non invasifs de Streptococcus pyogenes liés à une enquête sur une éclosion. Les échantillons en double ne devraient pas être soumis sans consentement préalable. Les échantillons en double pourraient ne pas être traités. Les isolats prélevés chez un même patient à trois semaines d’intervalle sont considérés comme des échantillons en double.

 

 

 

 

Méthodes et interprétation des résultats:

*typage emm par séquençage du génome entier (primaire) (3,4)

typage emm par réaction en chaîne par polymérase (secondaire) (1)

Délai d'exécution:

30 jours civils. Les isolats urgents ou associés à une éclosion seront considérés comme prioritaires et traités le plus tôt possible. *Les délais d’exécution peuvent ne pas être garantis lorsque les isolats sont soumis en grandes quantités.

Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-6063; STI: (204) 784-5995
Télécopieur: (204) 789-2140
Références:
  1. Beall, Bernard, Gherardi, G., Lovgren, M., Facklam R.R., Forwick B.A. and Tyrrell, G.J. emm and sof gene sequence variation in relation to serological typing of opacity-factor-positive group A streptococci. Microbiology 2000;146:1195-1209.
  2. Centers for Disease Control and Prevention, Streptococcus Laboratory.  Streptococcus Laboratory Protocols. Available at http://www.cdc.gov./ncidod/biotech/strep/protocols.htm.
  3. Athey TBT, Teatero S, Li A, Marchand-Austin A, Beall BW, Fittipaldi N. Deriving group A streptococcus typing information from short-read whole-genome sequencing data. J Clin Microbiol. 2014;52(6):1871–1876.
  4. Kapatai G, Coelho J, Platt S, Chalker VJ. Whole genome sequencing of group A streptococcus: development and evaluation of an automated pipeline for emm gene typing. PeerJ. 2017;5:e3226.